生物信息学2016-9-序列比对.pptVIP

人RBP4蛋白和小鼠RBP4蛋白为直系同源蛋白，且序列相似性比较高，适合进行全局序列比对 * ALN格式为CLUSTAL的原始输出格式。每组序列比对行的最后一行给出序列的匹配程度，型号“*”表示对齐的该序列中所有的氨基酸残基或核酸均相同，冒号“:”表示该序列有保守的替换，点号“.”表示该序列具有半保守的替换。 * Liaoning University Bioinformatics Liaoning University Bioinformatics 生物信息学 Life Science School Hongsheng Liu Prof. 第三章：序列比对 序列比对的基本概念 打分矩阵 序列比对算法 序列比对软件使用方法介绍 序列比对软件使用方法介绍 一致性：一致性指两个序列相同的程度。 保守性：某一氨基酸残基或序列的改变（突变）保持了原始氨基酸残基的物理化学特征，那么这个突变就是保守的。 相似性：相似性表示序列之间相关联的程度。与一致性比较相似性进一步考虑了发生保守突变的氨基酸的数目，即考虑了相似氨基酸的数目。 同源性：如果两个序列是来源于一个共同的祖先，那么他们是同源的。 内容回顾 匹配：竖线（|） 相似：双点（:） 较弱的相似：单点（.） 空位：短横线（-） 不相似的替换：空白 序列比对结果的表示方法 两序列进行比对，