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计算机化学 许旋 09级硕士研究生 主要内容 一、二维化学分子结构、化学反应方程式和反应装置的制作 二、三维分子结构的制作、几何参数和物理化学参数的获取 三、量子化学计算 四、原子轨道图、分子轨道图、静电势图、电荷密度图等图形的制作 四、分子性质和光谱性质的模拟 介绍软件 Chemoffice程序 ChemDraw Chem3D HyperChem量子化学的程序包 Gaussview程序 Gaussian程序 Origin程序 SPSS程序 参考书 （1）量子化学计算方法与应用，林梦海， 科学出版社 （2）计算化学实验，胡红智，马思渝，北京师范大学出版社 Chemoffice ---化学结构和实验装置设计程序包 ChemDraw软件的使用 Chem3D软件的使用 ChemFinder ChemDraw软件的使用 主要功能: 二维化学结构绘图和简单仪器制作: (1)二维分子结构 (2)化学反应式 (3)反应装置 ChemDraw软件的使用 启动 开始→所有程序→Chemoffice→Chemdraw Ultra 窗口简介:命令菜单栏、作图区 命令菜单栏 工具栏 二维分子结构的制作 1.乙烷分子结构 重叠式 交叉式 部分交叉式 二维分子结构的制作 2.非共轭的环状分子 二维分子结构的制作 单环化合物 苯、吡喃、吡啶 并(稠)环化合物 联环化合物 显示分子性质 View→Show Chemical Properties Window 如 文件保存和打开文件 保存文件，文件类型 打开文件 复制粘贴 化学反应方程式 分子式、符号、文字标注 对象的旋转：“选择对象”→“Objet” →“Rotate” 化学反应装置 1.Tools”工具栏选择 结构与仪器模板按钮，按住鼠标左键，选取“Clipware, part 1”或“Clipware, part 2”中所需要的仪器； 2．将所要的仪器进行组装 3．存盘 原子轨道图 可直接选取工具栏“Tool”中的图形 选用图形进行组装 练习 Chem3D软件 主要功能： 构建三维化学结构 分子物理化学参数 量子化学计算 构建化学结构 简单分子可直接输入分子式 选工具栏中的“A”，在编辑区中单击左键，输入分子式，按回车键结束。 复杂分子可用ChemDraw 构建分子结构，再由Chem3D读取 输入分子式构建分子结构 CH4 C2H6 CH3COOH C2H4 CH2ClCOOH C6H6 C5H5N 2-CH3C6H4COOH 无机物的结构 H2O H2SO4 Fe(CO)5 读取chemDraw结构 在chemDraw中画有甲苯结构，存成C6H6CH3.MOL文件，则Chem3D可打开。 设置结构的显示方式 选取View/Setting/Model Dispaly 菜单或F6键，共有五种不同的显示方式(Model Type)： (1)Wire Frame，用线表示化学键; (2)Sticks，用棍表示化学键; (3)Ball and stick; (4) Cylindrical Bonds; (5)Space Filling 设置结构的显示方式 设置其他参数 Atom Fill:选Shadowed color Color 其他可用默认值 量取键长、键角、二面角 选择对象：Edit→Slect→select atom 量取键长、键角、二面角 键长和键级：用鼠标指向相应的键 键角：选择三个原子，单击第一个原子， 按住Alt键，再单击其他原子。 二面角：选择四个原子。 改变键长、键角、二面角 选择对象 object →set bond length object →set bond angle object →set Dehedral angle 在右边窗口出现其数值，进行修改即可 分子力学和量子化学计算 分子力学计算 1.几何优化 MM2力场:MM2→Minimize Energy →Run 或Mechanics→ Minimize Energy→Force Field → MM2→Minimize Energy→Run MM3力场：Mechanics→ Minimize Energy →Force Field→ MM3→Minimize Energy →Run 显示几何参数： Analyze/show measurements 2. 分子动力学模拟 MM2→Molecular dynamics→Run 3. 性质计算(键级、空间能) MM2→Compute properties Pi键级：Pi