基于cDNA￣AFLP及MSAP技术分析西瓜同源.PDFVIP

植物遗传资源学报２０１５?１６(６):１２９８￣１３０６ Ｊｏｕｒｎａｌ ｏｆ Ｐｌａｎｔ Ｇｅｎｅｔｉｃ Ｒｅｓｏｕｒｃｅｓ ＤＯＩ:１０.１３４３０/ ｊ.ｃｎｋｉ.ｊｐｇｒ.２０１５.０６.０２３ 基于 ｃＤＮＡ￣ＡＦＬＰ及ＭＳＡＰ技术分析西瓜同源 二倍体和四倍体低温胁迫差异表达 杨炳艳?刘云婷?胡文靖?么大轩?段会军 (河北农业大学/ 华北作物种质资源研究与利用教育部重点实验室?保定０７１００１) 摘要:为了研究西瓜二倍体及同源四倍体在低温胁迫下的分子机制?以西瓜京欣１号母本８３１６６(二倍体)及其同源四倍 体为材料?利用ＭＳＡＰ及 ｃＤＮＡ￣ＡＦＬＰ技术研究低温处理前后基因表达的差异?并对差异带进行克隆、测序和比对? ２２ 对 ＭＳＡＰ 引物扩增得到１５６４ 个位点?其中二倍体经低温处理后总甲基化率下降２??８％?四倍体下降６??４％? 将１２ 条差异带与西 瓜基因组数据库比对?有７条带确定是西瓜基因组序列? ２６对ｃＤＮＡ￣ＡＦＬＰ 引物组合扩增出１２６７ 条带?其中二倍体上调表达 占４８??２％?下调表达占５１??８％?四倍体上调表达占５８??６％?下调表达占４１??４％? ２３条差异带在ＮＣＢＩ 中找到了同源序列基因? 包括假定蛋白(３９??１３％)、能量与代谢(４３??４８％)、物质运输(８??７０％)、转录相关(４??３５％)以及逆境相关(４??３５％)?另有１０ 条 无同源序列? 低温胁迫后?四倍体去甲基化率与上调表达量均高于二倍体?而且四倍体诱导出的差异基因参与了物质的能量 代谢调控及逆境胁迫过程?说明四倍体较二倍体有更强的耐冷性? 关键词:西瓜?低温处理?ＤＮＡ 甲基化?ｃＤＮＡ￣ＡＦＬＰ Ｄｅｐｅｎｄ ｏｎ ｃＤＮＡ￣ＡＦＬＰ ａｎｄ ＭＳＡＰ Ｔｅｃｈｎｉｃａｌ Ａｎａｌｙｓｉｓ ｏｆ Ｈｏｍｏｌｏｇｏｕｓ Ｄｉｐｌｏｉｄ ａｎｄ Ｔｅｔｒａｐｌｏｉｄ Ｗａｔｅｒｍｅｌｏｎ Ｕｎｄｅｒ Ｃｏｌｄ Ｓｔｒｅｓｓ ＹＡＮＧ Ｂｉｎｇ￣ｙａｎ ?ＬＩＵ Ｙｕｎ￣ｔｉｎｇ ?ＨＵ Ｗｅｎ￣ｊｉｎｇ ?ＹＡＯ Ｄａ￣ｘｕａｎ?ＤＵＡＮ Ｈｕｉ￣ｊｕｎ (Ａｇｒｉｃｕｌｔｕｒａｌ Ｕｎｉｖｅｒｓｉｔｙ ｏｆ Ｈｅｂｅｉ?Ｋｅｙ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ ｏｆ Ｃｒｏｐ ＧｅｒｍｐｌａｓｍＲｅｓｏｕｒｃｅｓ ｏｆ Ｈｅｂｅｉ?Ｂａｏｄｉｎｇ ０７１００１) Ａｂｓｔｒａｃｔ:Ｈｏｍｏｌｏｇｏｕｓ ｇｅｎｅ ｅｘｐｒｅｓｓｉｏｎ ｉｎ ｄｉｐｌｏｉｄ ｗａｔｅｒｍｅｌｏｎ ８３１６６ ａｎｄ ｉｔｓ ａｕｔｏ￣ｔｅｔｒａｐｌｏｉｄ ｓｔｒｅｓｓｅｄ ｂｙ ｌｏｗ￣ ｔｅｍｐｅｒａｔｕｒｅ ｗｅｒｅ ｐｒｏｆｉｌｅｄ ｂｙ ＭＳＡＰａｎｄｃＤＮＡ￣ＡＦＬＰ.Ａｔｏｔａｌ ｏｆ １５６４ ｆｒａｇｍｅｎｔｓｗｅｒｅａｍｐｌｉｆｉｅｄｂｙ２２ ＭＳＡＰｐｒｉｍｅｒ ｃｏｍｂｉｎａｔｉｏｎｓ.Ｃｏｌｄ ｓｔｒｅｓｓ ｉｎｄｕｃｅｄ ｄｅｃｌｉｎｅ ｏｆ ｍｅｔｈｙｌａｔｉｏｎ ｂｙ２??８％ ａｎｄ６??４％ ｒｅｓｐｅｃｔｉｖｅｌｙ ｉｎ ｄｉｐｌｏｉｄ ａｎｄ ｔｈｅ ｔｅｔｒａ￣ ｐｌｏｉｄ.Ｔｗｅｌｖｅ ｆｒａｇｍｅｎｔｓ ｗｅｒｅ ｓｅｑｕｅｎｃｅｄ ａｎｄ ｓｅａｒｃｈｅｄ ｉｎ ｗａｔｅｒｍｅｌｏｎ ｇｅｎｏｍｅ ｄａｔａｂａｓｅ?ｉｎ ｗｈｉｃｈ ｓｅｖｅｎ ｆｒａｇｍｅｎｔｓ ｗｅｒｅ ｃｅｒｔｉｆｉｅｄ ａｓ ｗａｔｅｒｍｅｌｏｎ ｇｅｎｏｍｅ ｓｅｑｕｅｎｃｅ.Ｉｎ ａｄｄｉｔｉｏｎ?１２６７ ｆｒａｇｍｅｎｔｓ ｗｅｒｅ ａｍｐｌｉｆｉｅｄ ｗｉｔｈ ２６ ｃＤＮＡ￣ＡＦＬＰ ｐｒｉｍｅｒ ｃｏｍｂｉｎａｔｉｏｎｓ?ｉｎ ｗｈｉｃｈ４８??２％ ｗｅｒｅ ｕｐ￣ｒｅｇｕｌａｔｅｄ?５１??８％ ｄｏｗｎ￣ｒｅｇｕｌａｔｅｄ ｉｎ ｔｈｅ ｄｉｐｌｏｉｄ ｗａｔｅｒｍｅｌｏｎ?ｂｕｔ ｉｎ ｔｅｔｒａｐｌｏｉｄ?５８??６％ ｗｅｒｅ ｕｐ￣ｒｅｇｕｌａｔｅｄ?４１??４％ ｄｏｗｎ￣ｒｅｇｕｌａｔｅｄ.ＮＣＢＩ Ｂｌａｓｔ ｓｅａｒｃｈ ｓｈｏｗｅｄ ｔｈａｔ ２３ ｆｒａｎｇｍｅｎｔｓ ｗｅｒｅ ｈｏｍｏｌｏｇｏｕｓ ｔｏ ｆｕｎｃｔｉｏｎａｌ ｇｅｎｅｓ?ｉｎｃｌｕｄｉｎｇ ｈｙｐｏｔｈｅｔｉｃａｌ ｐｒｏｔｅｉ