KEGG数据库的使用的说明.docVIP

KEGG数据库的使用方法与介绍http://www.genome.jp/ KEGG的数据 ???????? KEGG中的pathway是根据相关知识手绘的,这里的手绘的意思可能是指人工以特定的语言格式来确定通路各组件的联系；基因组信息主要是从NCBI等数据库中得到的，除了有完整的基因序列外，还有没完成的草图；另外 KEGG中有一个“专有名词”KO（KEGG Orthology），它是蛋白质（酶）的一个分类体系，序列高度相似，并且在同一条通路上有相似功能的蛋白质被归为一组，然后打上KO（或K）标签。下面就首先来讲一下KEGG orthology。 ???????? 任找一个代谢通路图，在上方有pathway meue | payhway entry | Show(Hide) description | 这3个选项，点击pathway entry, 出现了一个页面，这个随时被连接出来的页面相信大家一定再熟悉不过了。在这个页面中的pathway map项中点击按钮状的链接Ortholog table 。就进入了Ortholog table如下的页面： ? ???????? 在这个表中，行与物种对应，3个字母都是相应物中的英文单词缩写，比如has表示Homo sapiens，mcc表示Macaca mulatta；列就表示相应的Ortholog分类，比如K00844就表示生物体内的己糖激酶hexokinase 这一类序列和功能相似的蛋白质类（酶类）。如上图has后有3101，3098，3099这3个条目，它表示在人类细胞中中存在3中不同的己糖激酶，它们分别由以上这3组数字代表的基因所编码，这3组数字应该是这3个基因的登录号。空白则表示在该物种中不存在这种酶。 ???????? 点击K00844则这一KO分类信息及成员列表都可显示出来；点击has则链接到物种（人类）基因组去了；点击P，则显示相应的代谢通路。下面我们点击3101，如下：? ? ???????? 如上图，就是我们常见的一个页面，3101是KEGG中的基因ID（登录号）， H.sapiens表示物种，然后是基因的名称，表达的酶，属于哪个KO分类以及参与哪些代谢途径；下面还有结构、序列信息等等。 ????????? 所以从Ortholog table中可以很容易地知道一张代谢通路上有哪些KO分类（酶类），并且这些酶类的成员在各物种中分配存在的情况以及特定的名称。 怎么看KEGG中代谢通路图 ?? ???????? 比如以上这个图，方框一般就是酶，方框里面的不是IP 而是EC编号；小圆圈代表代谢物，你把鼠标放上去，（别放我这上面，放KEGG中去）会出现C00668的东西，C代表compound，00668是这种化合物在KEGG中的编号，一般在KEGG中数据条目都是这样的，前面一个标志，后面一个五位数编号；大的圆方块，就表示是另一个代谢图了，所以就不展开了。 ????????? 但是：为什么这个图上有的小框框是绿色呢？（这是绿色吧？我蓝绿不分的，下同） ????????? 因为这是一张特定物种（S. cere. 酿酒酵母）的代谢图，蓝色的框框表示专属于这个物种。在KEGG中有两种代谢图，一种是参考代谢通路图reference pathway，是根据已有的知识绘制的概括的、详尽的具有一般参考意义的代谢图，这种图上就不会有绿色的小框，而都是无色的，所有的框都可以点击查看更详细的信息；另一种就是像上面这样的属于特定物种的代谢图species-specific pathway，会用绿色来标出这个物种特有的基因或酶，只有这些绿色的框点击以后才会给出更详细的信息。这两种图很好区分，reference pathway 在KEGG中的名字是以map 开头的，比如map00010，就是糖酵解途径的参考图，而特定物种的代谢通路图开头三个字符不是map而是种属英文单词的缩写（应该就是一个属的首字母+2个种的首字母）比如酵母的糖酵解通路图，就是sce00010，大肠杆菌的糖酵解通路图就应该是eco00010吧。 那么：怎么找这两种图呢？ （1）有下拉列表的时候，在列表选择reference 或者是特定物种即可。 （2）在pathway检索的页面http://www.genome.jp/kegg/pathway.html ，如下图： ? ???????? 默认的就是map，参考图，你想要什么物中的代谢图写上它的名称就好了（种属缩写），如果不知道是哪3个字母，点击organism 选择即可。（不过你点进去也是一片空白，你要提示两个字母才会给出下拉条目） 顺便问一下：怎么找基因呢？ ????????? 还是上面这张图，看到了吗，除了PATHWAY之外是不是还有 BRITE、DISEASE..以及GENES等等，