NAMDubiqutinsimulation案例.docx

立方水体中泛素的分子动力学模拟及热容计算姓名：程永新 通过对立方水体中泛素的分子动力学模拟，初步认识学习了分子动力学模拟软件NAMD及MD的使用及结果分析。下面报告里主要介绍学习模拟的过程及其遇到的问题。一、VMD与NAMD1.软件简介NAMD是动力学拟合的主体软件，但它不同于我们所熟悉的大多数Windows软件：它不具有图形界面。由于进行动力学模拟的准备和结果的可视化分析，必不可少的软件是VMD，下面的讲解中也将大量用到VMD。2.软件安装VMD安装简单，可以再随意的目录下。NAMD不需要直接安装，而是需要下载NAMD tutorial压缩包，并将NAMD软件包解压缩在NAMD tutorial里.这里说的NAMD tutorial不是一个软件使用指导文本，而是有很多子文件夹的压缩包。二、拟合过程下面根据软件的操作使用将拟合及热容计算过程作成分为六步：VMD上载pdb文件，去掉水分子，生成psf文件，立方水体溶解蛋白，动力学过程拟合，热容计算。1. VMD上载pdb文件先在指定的网站上下载泛素的pdb（PDBID:1ubq）文件。安装好VMD后打开，file--new molecue--browse,载入下载的pdb文件，load。NOTE:此处加载时文件路径里不能有汉字。加载完pdb后看到如下图所示：可以看到，所有的氧原子用红色表示，碳原子以天蓝色表示（碳原子所连的键也是天蓝色，所以整个蛋白骨架为天蓝色），硫原子以黄色表示。注意到没有出现氢原子，这是因为此结构是由X射线晶体衍射得来的，而X射线衍射一般得不到氢原子的精确位置。注意：蛋白周围的红点实际上是水分子，由于没有氢，所以仅显示出一个一个的氧原子。我们只需要蛋白质分子的结构，因此下面我们将首先除去pdb文件中带有的水分子。2. 去除水分子 2.1 cd 口令因为VMD处理生成新的文件需要指定其位置，所以用cd口令，change dictionary。单击 Extension → TK Console 菜单项，弹出VMD Tk Console窗口。首先用cd命令改变当前目录到namd-tutorial /1-1-build 下。“ls”口令可查询所属文件夹，检验cd口令是否执行正确。在这一步，把生成位置定位E:\simulation\project\namd-tutorial-files\1-1-build。但是，cd口令执行时要注意两点：NOTE:文件之间“\”要换成“/”；文件名不能有空格。2.2 去水分子同样在VMD Tk Console窗口输入以下口令：set ubq [atomselect top protein]$ubq writepdb ubqp.pdb(每输入一行命令后按回车键。NOTE:一般手键输入，粘贴有时会出现问题)输入以上命令之后，VMD已经在1-1-build目录下生成了文件 ubqp.pdb。这一PDB文件仅包含泛素蛋白，不含水分子3. 生成psf文件3.1 用vmd 模块自动生成MD组件中实际上提供了一个全自动的psf文件生成器(选择Extensions→Modeling→Automatic PSF Builder菜单项)，在此尝试用自动生成，但为了练习，又用了了细致的口令。3.2 手动生成psf文件输入完成之后，保存文件。注意文件保存在1-1-build目录中，文件名为ubq.pgn，文件类型选择文本文档。然后退出写字板。这样我们便制作了pgn文件，这一文件可以被psfgen软件包所识别，并处理成我们想要的psf文件。我们需要在VMD中使用该文件调用psfgen数据包。输入的每一行命令的意义：package require psfgen：通知VMD我们将要调用psfgen数据包topology top all27_prot_lipid.inp：载入拓扑文件 top_all27_prot_lipid.inppdbalias residue HIS HSE：改变组氨酸残基名，使得残基名称能够和拓扑文件中的一致。在pdb文件中组氨酸残基名是HIS,而在拓扑文件中组氨酸残基名为 HSE, HSD, HSP 三种。分别对应组氨酸的三个不同的带电荷形式。pdbalias atom ILE CD1 CD：改变异亮氨酸中的原子名。pdb文件中异亮氨酸δ碳的名称为CD1，而拓扑文件中原子名应该为CD。segment U {pdb ubqp.pdb}：生成一个集合（segment）U，包含ubqp.pdb中的所有原子。coordpdb ubqp.pdb U：从ubqp.pdb中读取坐标，比较各个原子的名称是否对应，然后旧的集合名被改换成新的名称“U”。guesscoord：根据拓扑文件推测缺少的原子（氢原子）的空间位置。writepdb ubq.pdb：生