第二章基因组导论.ppt

第二章 基因组 基因组 基因组（genome）：广义上指一个细胞或病毒颗粒所含DNA的全部序列。即遗传物质的总量。 狭义上指一个细胞或病毒颗粒所含基因的总和。 基因组的数目：一个物种的单倍体染色体数目，称为该物种的基因组。 对于二倍体的生物来说，能维持配子体正常功能的最低数目的一套染色体即构成一个基因组。 基因组的大小通常以一个基因组中的DNA含量来表示，称为生物体的C值。 每种物种各有其特定的C值，而不同的物种之间的C值有很大的差异。一般来说，C值大小随着生物进化的复杂程度的增加而稳步上升。 但肺鱼的C值为1011数量级，而人的C值为109 C值悖理： C值不能完全说明生物进化的程度和遗传复杂性的高低，这种现象称为C值悖理 有关问题简述 有机体 有机体（organism）定义为有生命的物质. 根据细胞结构将有机体分为： 一、原核生物基因组（细菌） 1.基因组为一条染色体，基因组小（ E.coli约为4.64×106 bp,人为3×109bp） 2.基因组中功能相似的基因多形成操纵子（ operon ），并被转录为多顺反子mRNA（polycistronic mRNA ）。 3.基因组多为单拷贝基因顺序（占基因组的99.7%），极少重复。 4.基因组中绝大部分为表达基因。 因此使较小的基因组携带较多的遗传信息 二、质粒DNA 质粒复制情况： 有些小型质粒利用宿主细胞的酶进行复制 有些大型质粒本身含有编码复制酶的基因 有些质粒整合到宿主细胞染色体上与染色体同步复制 按功能将质粒分为： 抗性质粒（resistance，R质粒）：含有抗生素抗性基因 致育质粒（fertility,F质粒）：能将本身质粒DNA转移给其它不含F质粒的宿主细胞 Col质粒：能编码大肠杆菌素（colicine），可杀死不含Col质粒的菌株 侵入型质粒：能使宿主菌具有致病性 降解质粒：编码一种特殊蛋白，能使宿主菌代谢某些特殊物质。如甲醛、水杨酸等。 按复制机理可分为： 严紧型质粒（stringent plasmid）：质粒复制受宿主细胞的严格控制，每个细胞含1~几个拷贝。 松驰型质粒（relaxed plasmid）：质粒复制不受宿主细胞的严格控制，每个细胞含10~200个拷贝。 质粒DNA与宿主存系的关系： 质粒在基因工程中常被用作基因的载体。为适用克隆的需要，常将一些天然质粒的优点集中于一身，改造为人工质粒---即载体的构建。 如插入一多克隆位点、插入一抗生素抗性基因、插入一筛选重组体的选择系统等。 三、病毒基因组 病毒（virus) 病毒最初被定义为只能在宿主细胞中繁殖的致病因子。它是寄生性感染物。噬菌体（bacteriphage）是感染细菌的病毒。 特点 结构比原核细胞还简单。由核酸核心和蛋白质外壳构成，不具备细胞结构，即病毒不是细胞，严格来讲病毒不能称为微生物。因此病毒既非原核细胞，又非真核细胞，故称为病毒颗粒（virus particle）。 缺少进行自主代谢的完整机构，故病毒单独存在时不能繁殖和新陈代谢，只能专营细胞内寄生生活。但当病毒颗粒感染宿主细胞后，可利用宿主细胞的各种合成体系和原料合成其所需要的酶、蛋白质和核酸，并组装成子代病毒颗粒。故难确定病毒是有生命，还是无生命，只能看作是生物大分子的复合物。 一种病毒只能含有一种核酸。要麽是DNA，要麽是RNA。 结构简单、基因组更小（HBV为 3.2kb，仅编码4种蛋白） 基因组可有DNA或RNA构成 DNA病毒： 乳头瘤病毒：环状双链DNA。 腺病毒：线性双链DNA。 噬菌体M13：环状单链DNA。 RNA病毒； 丙肝病毒：线性单链RNA 呼肠弧病毒：线性双链RNA。 基因重叠多见（同一DNA区段能编码2~3种蛋白质） 重复顺序少、非编码区少 相关基因丛集，一起转录为多顺反子mRNA。 四、真核生物基因组 细胞核基因组结构特点 1.基因组庞大、结构复杂 [体细胞的染色体基因组是二倍体（diploid），即有两份同源的基因组] 2.转录产物为单顺反子mRNA 3.大量的重复顺序,非编码区大于编码区（ 占90%以上） 4.真核基因大多是不连续的 5.功能相关的基因构成基因家族 基因家族指由某一祖先基因经过重复和变异所产生的一组功能相关的基因。 五、人类基因组结构 人类DNA中，约有40%的顺序是重复顺序，其中高度重复顺序占10%~20%，中度重复顺序占20%~30%。 高度重复顺序: 中度重复顺序：大多在基因组中与单拷贝基因序列间隔排列，少数成串排列。有种属特异性。 中度重复序列包括如组蛋白基因、免疫球蛋白基因、rRNA基因和tRNA基因等。也包括非编码重复顺序，如Alu、KpnⅠ、Hinf、EcoRⅠ家族 Alu重复顺序家族： 单拷贝顺序： 约占人类基因组的60%。结