第六讲基因组与生物信息学概述.pdfVIP

LOGO 基因组测序与生物信息学 梁 丹 liangd8@ 东校区生科楼432 什么是基因组？ 基因组（genome)这个名词最早出现在1922年的遗传学文献中，指的是 单倍体细胞中所含的整套染色体。( 我们每个细胞包含两个基因组，分别来自 父方和母方，这让我们每个基因都有两份，因此人类基因组是指我们单个细胞 核内所含的一半DNA)。随着研究工作的深入，需对基因组这个名词作出更精确 的定义。因此，基因组（genome)是指细胞或生物体的遗传物质的总量。即整 套染色体所包含的DNA分子以及DNA分子所携带的全部遗传信息。原核生物基 因组就是原核细胞内构成染色体的一个DNA分子。真核生物有核基因组和细胞 器基因组（如线粒体基因组和叶绿体基因组）。 什么是C值？ C 值通常是指一种生物单倍体基因组DNA的总量. 在真核生物中，C值一般随着生物的进化而增加，高等生物C值一般大于低等生物。 C值悖理：生物的复杂性与基因组的大小并不完全成比例增加 植物 动物 真菌等 细菌 bp 基因组的大小 Amoeba dubia （阿米巴原虫） 670,000 Mb Ophioglossum petiolatum （蕨类植物） 160,000 Protopterus aethiopicus （肺鱼） 140,000 Amphiuma menas （蝾螈） 84,000 Allium cepa （洋葱） 18,000 Schistocerca gregaria （蝗虫） 9,300 Zea mays （玉米） 8,000 Homo sapiens （人） 3,100 3100000000个ATGC Oryza sativa （水稻） 400 Drosophila melanogaster （黑腹果蝇） 165 Arabidopsis thaliana （拟南芥） 100 Saccharomyces cerevisiae （酿酒酵母） 12 E.coli （大肠杆菌） 4.6 Animal Genome Size Database / Plant DNA C-values Database /cvalues/ Fungal Genome Size Database http://www.zbi.ee/fungal- genomesize/index.php 为什么要研究基因组？ 基因组学 （Genomics）vs. 传统遗传学 特征 ●传统遗传学：研究数目有限的基因 ●基因组学：研究细胞核的所有遗传信息 方法 ●传统遗传学：遗传现象和规律 ●基因组学：遗传物质（DNA）的全面测序 及分析 1.结构基因组学 主要涉及从DNA序列水平上来确定基因组结构，代表着基因组分析的起始阶段，结 构图谱指某一有机体的