(生物类研究生必学)DNAMAN、DNAstar、primer5.0、Endnote常用功能介绍概论.pptxVIP

DNAMAN、DNAstar、primer5.0、Endnote常用功能介绍 DNAMAN DNAMAN是美国Lynnon Biosoft公司开发的高度集成化的分子生物学应用软件，几乎可完成所有日常核酸和蛋白质序列分析工作，包换多重序列比对、PCR引物设计、限制性酶切分析、蛋白质分析、质粒绘图等。该软件是所有生物信息学研究人员所必备的，强烈推荐使用!! 专题讲座（一） DNAstar DNAstar软件，即著名的Lasergene Suite，功能主要有：序列的格式转换，序列拼接和重叠克隆群的处理；基因寻找；蛋白质结构域的查找；多重序列的比较和两两序列比较；寡核苷酸设计（PCR引物，测序引物，探针）。由EditSeq 、MegAlign、GeneQuest 、MapDraw 、PrimerSelect 、Protean 、SeqMan II七个模块组成。 专题讲座（一） Primer Primer是由加拿大的Premier公司开发的专业用于PCR或测序引物以及杂交探针的设计，评估的软件。其主要界面同样也是分为序列编辑窗口（Genetank），引物设计窗口（Primer Design），酶切分析窗口（Restriction Sites）和纹基分析窗口（Motif）。 专题讲座（一） EndNote EndNote 是THOMSON 公司推出的最受欢迎的一款产品，是文献管理软件中的佼佼者。其具有海量文献信息的管理、全文管理、笔记管理、自动编排论文或书籍的参考文献、利用杂志全文模版撰写论文、统计与分析等功能，强烈推荐！！！ 养成良好的阅读习惯，不管做实验还是写文章将会事半功倍。 专题讲座（一） DNAMAN功能很多，这里我们主要讲以下几个常用功能： 序列形式的变换 DNA序列的限制性酶切位点分析 序列比对分析 专题讲座（一） 专题讲座（一） 打开DNAMAN会出现如下界面 主菜单栏 浏览器栏 工具栏 载入序列的方法： 主菜单栏?文件?打开?选择要载入的序列 主菜单栏?文件?新建?直接将序列复制过来 主菜单栏?序列?载入序列?选择要打开的文件类型?选择相应的要打开的文件 专题讲座（一） 序列格式转换 载入序列 主菜单栏?序列?显示序列 专题讲座（一） 专题讲座（一） 寻找酶切位点 载入序列 主菜单栏?限制性酶切?限制性酶切分析 专题讲座（一） 专题讲座（一） 专题讲座（一） 序列比对 主菜单栏?序列?比对?多重序列比对 工具栏?多重序列比对 专题讲座（一） 专题讲座（一） 专题讲座（一） DNAstar功能强大，这里主要讲EditSeq。 专题讲座（一） file ?open 专题讲座（一） 选择所需的序列?Set Ends ?输入序列起始和终止位点 专题讲座（一） 该命令用来去除5’和3’端污染序列 寻找开放阅读框：打开序列?search ?Find ORF 专题讲座（一） 点击Find Next 专题讲座（一） DNA序列翻译：找到开放阅读框后选择Goodies ?Translate DNA 专题讲座（一） 引物设计以及Primer5.0的使用 引物设计的原则 1.引物最好在模板cDNA的保守区内设计。 DNA序列的保守区是通过物种间相似序列的比较确定的。在NCBI上搜索不同物种的同一基因，通过序列分析软件（比如DNAman）比对各基因相同的序列就是该基因的保守区。 专题讲座（一） 2.引物长度一般在15~30碱基之间。 引物长度常用的是18-27 bp，但不应大于38，因为过长会导致其延伸温度大于74℃，不适于Taq 酶进行反应。 3.引物GC含量在40%~60%之间，Tm值在55－80℃之间，最好接近72℃。 4.引物3′端要避开密码子的第3位。 如扩增编码区域，引物3′端不要终止于密码子的第3位，因密码子的第3位易发生简并，会影响扩增的特异性与效率。 专题讲座（一） 5.引物3′端不能选择A，最好选择T。 引物3′端错配时，不同碱基引发效率存在着很大的差异，当末位的碱基为A时，即使在错配的情况下，也能有引发链的合成，而当末位链为T时，错配的引发效率大大降低，G、C错配的引发效率介于A、T之间，所以3′端最好选择T。 6. 碱基要随机分布。 引物中四种碱基的分布最好是随机的，不要有聚嘌呤或聚嘧啶的存在。尤其3′端不应超过3个连续的G或C，因这样会使引物在GC富集序列区错误引发。 专题讲座（一） 7. 引物自身及引物之间不应存在互补序列。 引物自身不应存在互补序列，否则引物自身会折叠成发夹结构（Hairpin）使引物本身复性。这种二级结构会因空间位阻而影响引物与模板的复性结合。引物自