基于分子对接技术虚拟筛选菊苣与肠道CNT2结合的化学成分研究.docVIP

基于分子对接技术虚拟筛选菊苣与肠道CNT2结合的化学成分研究 　　[摘要]利用分子对接技术虚拟筛选菊苣与肠道浓度型核苷转运蛋白2（CNT2）结合的化学成分，为探讨菊苣干预嘌呤核苷吸收的降尿酸作用机制研究提供理论依据。采用同源建模手段构建人CNT2三维结构模型，采用Vina软件虚拟筛选菊苣小分子化合物作用于CNT2的化学成分。以CNT2抑制剂7，8，3′-三羟基黄酮的打分为阈值，筛选出23个打分高于阳性抑制剂的菊苣化学成分。其中打分靠前的菊苣化合物是菊苣降尿酸作用的重要化合物，其能否通过抑制CNT2活性干预肠道嘌呤核苷的吸收降低体内尿酸水平有待生物学实验进一步探讨。CNT2可能是菊苣降尿酸的效用靶点，为指导实验研究菊苣干预嘌呤核苷吸收降尿酸研究提供向导。 　　[关键词]同源建模； 富集型核苷转运蛋白2； 菊苣； 虚拟筛选； 高尿酸血症 　　[Abstract]To virtual screen the compound of Chicory combined with the concentrative nucleoside transporter 2 （CNT2） in molecular docking technology.The homology model of hCNT2 was produced， and then the Vina software was employed to virtual screen the Chicory compound combined with CNT2. Compared with 7，8，3′-trihydroxyflavone， a CNT2 inhibitors， 23 score higher chicory compounds were hit.Meanwhile， the ten top compounds have been revealed that play important role in decrease the uric level. The bioactivity to CNT2 needs to be investigatedin experiment. CNT2 may be a potential target of chicory， which decreases the absorption of purine nucleoside in intestinal tract. 　　[Key words]homology modeling； CNT2； Chicory； virtual screening； hyperuricemia 　　doi：10.4268/cjcm 　　肠道是嘌呤核苷吸收转运的重要场所。浓度型核苷转运蛋白2（concentrative nucleoside transporter 2，CNT2）是肠道摄入嘌呤核苷的核心转运体，控制着尿酸生成的前体物质外源性嘌呤核苷的摄入，抑制肠道CNT2的转运可降低体内血尿酸水平，可能成为药物降尿酸的潜在作用靶点[1]。目前，尚未获得哺乳动物CNT2的蛋白晶体结构，已解析的霍乱弧菌CNTs蛋白晶体结构满足人源CNT2蛋白同源建模的要求。因此，本研究以嘌呤核苷转运蛋白为靶点，采用同源建模和分子对接技术虚拟筛选菊苣作用于嘌呤核苷转运蛋白的小分子化合物，以期为指导开展实验研究菊苣干预嘌呤核苷吸收的降尿酸作用机制提供理论依据。 　　1 材料与方法 　　1.1 浓度型核苷转运蛋白2的三维结构模型构建 　　1.1.1 hCNT2同源模型构建 以人源CNT2（hCNT2，NP_004203.2）在NCBI蛋白质数据库中用PSI-BLAST在Protein Data Bank数据库进行序列相似性搜索。同源模建使用Modeller 9.15程序和 EasyModeller 4.0图形操作界面，由程序自动生成 5个模型，根据打分值选取molPDF值及DOPE Score均最低的模型作为目标蛋白。蛋白三维结构的显示采用 Discovery Studio 3.5 Client程序。 　　1.1.2 分子力学优化 本研究使用GROMACS5.1程序包在Amber力场先进行3 000步最陡下降法（steepest descent）再进行1 000步共轭梯度法（conjugategradient）进行能量优化，以消除同源模建模型存在的一些不合理因素。最终模型切去第1～74和第584～658个氨基酸。 　　1.1.3 模型评价与?证 模型评价主要采用SAVES在线工具的ProCheck考察模型立体化学质量。同时，使用Autodock 4.2分子对接软件将10个实验获得的已