2生物信息数据库讲义.ppt

四、其他重要的核酸序列数据库 dbEST：dbEST是GenBank中的一个子数据库，包含来源于不同物种的表达序列数据和表达序列标签序列的其他信息。 ncRNAdb：非编码RNA（non-coding RNA ncRNA）数据库旨在提供非编码RNA的序列和功能信息。 miRBase：miRBase序列数据库主要存放已发表的微小RNA（microRNA miRNA)序列和注释的数据库。 序列数据库 基因组数据库 来源于人类基因组计划及各种模式生物基因组计划 1977年，最早获得的生物基因组全序列是噬菌体(53kb) 1995年，第一个自由生物体流感嗜血菌(H. inf)被完全测序 GDB（美国、加拿大）The Genome Database 1990年，John Hopkins大学建立，后由加拿大儿童医院生物信息中心管理. 数据内容： 基因单位、PCR位点、细胞遗传标记、EST、contig、重复片段、基因组图谱 与其它分子生物信息网络资源（EMBL、GenBank…）的链接 AceDB 线虫基因组数据库。既是一个数据库，又是一个数据库管理系统。 提供很好的图形界面，用户能够从大到整个基因组小到序列的各 个层次观察和分析基因组数据。 数据内容： 限制性图谱，基因结构信息，质粒图谱，序列数据，参考文献… 序列数据库 蛋白质序列数据库 SWISS－PROT(欧洲) PIR(美国) 蛋白质功能、结构域和蛋白质家族有关的数据库： PROSITE InterPro Pfam ProDom SMART 等 蛋白质三维结构相关数据库： PDB BioMagResBank SWISS-MODEL Repository ModBase CATH SCOP ReLiBase TOPS SWISS-3DIMAGE BioImage等 蛋白质二维凝胶电泳数据库： WORLD-2DPAGE Phoretix links 信号传导及蛋白质-蛋白质相互作用相关数据库： DIP INTERACT ProNet KEGG CANSITE SPAD CSNDB等 DNA和蛋白质相互作用数据库：DPInteract 蛋白质翻译后修饰相关数据库： O-GlycBase、PhosphoBase、RES蛋白质等蛋白质 SWISS－PROT 1. 瑞士日内瓦大学 （Geneva ）医学生物化学系和欧洲生物信息学研究所(EBI)合作维护（1986年）； 2. 在EMBL和GenBank数据库上均建立了镜像站点; 3. 数据库包括了从EMBL翻译而来的蛋白质序列，这些序列经过检验和注释； 4. 数据记录包括两部分： 序列 注释 (结构域、功能位点、跨膜区域、二硫键位置、翻 译后的修饰、突变体等) 5. 数据存在滞后性 ? TrEMBL数据库的建立 SWISS-PROT的网址： /sprot TrEMBL的网址： http://www.ebi.ac.uk/trembl/index.html SWISS-PROT (http://www.expasy.ch/sprot/sprot-top.html） 是目前国际上比较权威的蛋白质序列数据库,其中的蛋白质序列是经过注释的 SWISS-PROT中的数据来源于不同源地： （1）从核酸数据库经过翻译推导而来； （2）从蛋白质数据库PIR挑选出合适的数据； （3）从科学文献中摘录； （4）研究人员直接提交的蛋白质序列数据 PIR(protein information resource) 1. 由美国NCBI翻译自GenBank的DNA序列(1984年)； 2. 在EMBL和GenBank数据库上均建立了镜像站点； 3. 数据依据注释的质量分为4类。 网址： / 分类名称 (Name) 说明 (Comment) 记录数 (Number of entries) PIR1 已分类、已注释 (Classified and annotated) 13572 PIR2 已注释(Annotated) 69368 PIR3 未核实(Unverified) 7508 PIR4 未翻译(Unencoded or untranslated) 196 PIR数据库的分类情况(Release 51.03) 目的： 帮助研究者鉴别和解释蛋白质序列信息， 研究分子进化、功能基因组。 它是一个全面的、经过注释的、非冗余