(嵌套PCR)巢氏PCR过程与原理.doc

巢式PCR是一种变异的聚合酶链反应(PCR)，使用两对（而非一对）PCR引物扩增完整的片段。第一对PCR引物扩增片段和普通PCR相似。第二对引物称为巢式引物（因为他们在第一次PCR扩增片段的内部）结合在第一次PCR产物内部，使得第二次PCR扩增片段短于第一次扩增。巢式PCR的好处在于，如果第一次扩增产生了错误片断，则第二次能在错误片段上进行引物配对并扩增的概率极低。因此，巢式PCR的扩增非常特异。巢式PCR通过两轮PCR反应，使用两套引物扩增特异性的DNA片断。第二对引物的功能是特异性的扩增位于首轮PCR产物内的一段DNA片断。 第一轮扩增中，外引物用以产生扩增产物，此产物在内引物的存在下进行第二轮扩增。从而提高反应的特异性。 巢式PCR反应模式图：巢式PCR的实验步骤： 第一步：目标的DNA模板蓝色的第一对引物结合。第一对引物也可能结合到其他具有相似结合位点的片段上并扩增多种产物。但只有一种产物是目的片断（图中未显示可能的多种产物）。 第二步：使用图中红色标记的第二套引物对第一轮PCR扩增的产物进行第二轮PCR扩增。 由于第二套引物位于第一轮PCR产物内部，而非目的片断包含两套引物结合位点的可能性极小，因此第二套引物不可能扩增非目的片断。这种巢式PCR扩增确保第二轮PCR产物几乎或者完全没有引物配对特异性不强造成的非特异性扩增的污染。如果用普通PCR检测不到条带是因为扩增模板量太低造成的，为了提高检测灵敏度和特异性，可以采用巢式PCR。其优点是：1、克服了单次扩增“平台期效应”的限制，使扩增倍数提高，从而极大的提高了PCR的敏感性；2、由于模板和引物的改变，降低了非特异性反应连续放大进行的可能性，保证了反应的特异性；3、内侧引物扩增的模板是外侧引物扩增的产物，第二阶段反应能否进行，也是对第一阶段反应正确性的鉴定，因引可以保证整个反应的准确性及可行性。但其亦有缺点：进行第二次PCR坟增引起交叉污染的几率大。为了克服此缺点，可彩用同一反应管中巢式PCR，主要利用内外引物Tm值不同。如果你已排除引物，酶，RNA提取，逆转录等等其他原因引起的PCR不成功，确定关键原因是模板量低的话，可以用巢式。但还是建议先排除一下其他可能因素，毕竟普通PCR简单。