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R入门25招 关于作者 陈钢, 华大基因, 研究员 长沙土鳖，Linux系统初级管理员，Perl入门级程序员，R菜鸟，LaTeX爱好者，Python学习者，业余Web开发人员，生物信息学和系统生物学门外汉~ Blog 豆瓣 新浪微博 向文章付费 请作者吃饭 第1招：下载和安装 下载和安装R 问题：要把R安装到自己的电脑上。 解决方案：Windows和OS X用户可以从CRAN（Comprehensive R Archive Network）上下载R。Linux和Unix用户则可以用各自的包管理工具安装R软件包。 Windows 在浏览器中打开/。 点击“CRAN”。然后会看到按国家排序的镜像站点列表。 就近选择一个镜像站点。 点击“Download and Install R”下的“Windows”。 点击“base”。 点击下载最新版R（一个.exe文件）的链接。 下载完成后，双击.exe文件，按照提示安装。 OS X 在浏览器中打开/。 点击“CRAN”。然后会看到按国家排序的镜像站点列表。 就近选择一个镜像站点。 点击“MacOS X”。 在“Files”中点击最新版R的.pkg文件，下载。 下载完成后，双击.okg文件，按照提示安装。 Linux或Unix主要的Linux发行版都有安装R的包。下表中是是一些例子： 发行版 包名称 Ubuntu或Debian r-base Red Hat或Fedora R.i386 Suse R-base 用系统的包管理器下载并安装R的软件包。这通常都需要root密码或者是sudo权限，或者也可以要系统管理员来安装。 讨论 在Windows和OS X上安装R都是很简单的，因为相应的安装包都是预编译好的。只需要根据安装程序的提示一步步地安装即可。CRAN的网页上也提供了跟安装有关的资源，例如常见问题（FAQ）和针对某些特殊情况的提示（“如何在Windows Vista上安装R？”（“How to install R when using Windows Vista?”）），这些都挺有用的。 理论上来说，在Linux或Unix上有两种安装R的方法：安装某个发行版的软件包，或是自己编译源代码。在实际使用中，安装软件包是更好的选择。各个发行版所提供的软件包在安装和随后的升级等方面都更加方便。 在Ubuntu和Debian中，是用apt-get下载和安装R。需要用sudo命令获得必要的权限： 代码 1 span class=pln$sudoapt/spanspan class=pun-/spanspan class=kwdget/spanspan class=plninstallr/spanspan class=pun-/spanspan class=kwdbase/span 在Red Hat和Fedora则是用yum： 代码 1 span class=pln$sudoyuminstallR/spanspan class=pun./spanspan class=plni386/span 大部分的系统还提供了更加方便的图形化包管理器。 除了基础包，笔者还建议读者把文档包也装上。例如，在我的Ubuntu机器上，我安装了r-base-html（因为我喜欢阅读带超链接的文档）和r-doc-html两个包，这样就将R的用户手册安装到了本地： 代码 1 span class=pln$sudoapt/spanspan class=pun-/spanspan class=kwdget/spanspan class=plninstallr/spanspan class=pun-/spanspan class=kwdbase/spanspan class=pun-/spanspan class=plnhtml r/spanspan class=pun-/spanspan class=plndoc/spanspan class=pun-/spanspan class=plnhtml/span 有些Linux的软件库中还有一些CRAN上的R软件包。我没用这些软件包，因为我更喜欢直接从CRAN上下载这些软件包的最新版。 在个别情况下，读者有可能需要自己从源代码编译R：有可能是在使用不被支持的Unix版本，或是在性能和配置方面有特殊的考量。Linux和Unix上的编译过程是非常标准化的。从CRAN镜像站点的首页上下载压缩包，压缩包的名字一般是R-2.12.1.tar.gz，只是其中的2.12.1会被最新的版本号代替。解压这个压缩包，然后根据其中的INSTALL文件的提示进行编译。 扩展阅读R in a Nutshell一书中对R的下载和安装有更加详细的介绍，包括如何在Wi