计算机在材料科学与工程中的应用-分子动力学1.ppt

按OK，关闭对话框。在3D trajectory document上双击左键，去除对O2的选中。 点击Forcite Analysis 对话框中的可用选项Choose sets箭头，选择oxygen。点击Analyze。关闭Forcite Analysis 对话框。 5. 输出数据并计算扩散系数 本教程的最后一部分包括一种电子表格或画图软件的使用。你可以用它来检验均方位移的计算是否正确，在此基础上再来计算扩散系数。复制并粘贴图表文档到你的电子表格中。 右键点击plot，并从context menu 中选取Copy。打开新的电子表格，右键点击它并选择Paste。 在你的电子表格中有14列数。第一列是时间，它每隔一列重复出现一次。另外的列里包含所有均方位移的x-，y-和z-分量。在本次计算中你只要前面两列。 提示：在实际计算中，你要检查计算结果是否可靠。你可以画出log(MSD)对log(time)的曲线。如果你的计算收敛了，那么你将得到一条直线。不然，你就要重新计算了。 要计算氧在PDMS 中的扩散率，你要画出MSD 对时间的曲线，拟合后计算斜率。画出MSD 对时间的曲线。线性拟合成直线y=ax+b，记下斜率a。 扩散系数由下面式子给出： 其中N 是系统中扩散原子的数目。上式中的微分近似用MSD 对时间微分的比率来代替，也就是曲线的斜率a。由于MSD 的值已经对扩散原子数N 作了平均，所以公式可以简化为： 实验中氧扩散到PDMS 中的扩散系数约为5.7 x 10-5 cm2 s-1，而报道的计算结果在2 x 10-5 cm2 s-1与 8 x 10-5 cm2 s-1 之间(Charati and Stern, 1998; Hofmann et al., 2000)。你的计算结果很可能和这个有很大差别，因为你取的聚合体太短，晶格尺度太小，运算时间太短以至于Einstein扩散没有时间发生。 参考文献 Charati, S. G.; Stern, S. A. Diffusion of Gases in Silicone Polymers: Molecular Dynamics Simulations, Macromolecules, 31, 5529-5538 (1998). Hofmann, D.; Fritz, L.; Ulbrich, J.; Schepers, C; Boehning, M. Detailed-atomistic molecular modeling of small molecule diffusion and solution processes in polymeric membrane materials, Macromol. Theory Simul., 9, 293-327 (2000). Thank you ！ * 下面为大家介绍几个分子模拟的实例。 * 下面为大家介绍几个分子模拟的实例。 * 好，了解了分子动力学的基本思想，下面我们看看它的适用范围。 * 分子动力学的基本思想和适用范围都弄清楚了，下面看看它的工作程序。 COMPASS 力场 适合于共价分子体系，包括 大多数常见有机物、无机物和聚合物、 金属、金属氧化物和金属卤化物 。 ? Group?A??? 共价模型，有机物、聚合物和气体分子 ? Group?B??? 离子模型，金属、金属氧化物、金属卤化物、沸石 （ 0?K ） COMPASS26 增加二苯醚、苯腈、叠氮化物、醇类新参数，改进甲烷的参数 COMPASS27 加入二硫键基团的参数 COMPASS 加入硫酸根、磺酸根基团的参数 COMPASS 力场 适合于共价分子体系，包括 大多数常见有机物、无机物和聚合物、 金属、金属氧化物和金属卤化物 。 ? Group?A??? 共价模型，有机物、聚合物和气体分子 ? Group?B??? 离子模型，金属、金属氧化物、金属卤化物、沸石 （ 0?K ） COMPASS26 增加二苯醚、苯腈、叠氮化物、醇类新参数，改进甲烷的参数 COMPASS27 加入二硫键基团的参数 COMPASS 加入硫酸根、磺酸根基团的参数 COMPASS 力场 适合于共价分子体系，包括 大多数常见有机物、无机物和聚合物、 金属、金属氧化物和金属卤化物 。 ? Group?A??? 共价模型，有机物、聚合物和气体分子 ? Group?B??? 离子模型，金属、金属氧化物、金属卤化物、沸石 （ 0?K ） COMPASS26 增加二苯醚、苯腈、叠氮化物、醇类新参数，改进甲烷的参数 COMPASS27 加入二硫键基团的参数