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中国科技大学演示课件系列生物信息学
* * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 4. 隐马尔科夫模型: ProbCons 主要改进： 1. 所有序列的两两比对，通过profile HMM的方法进行双序列比对； 2. 将渐进算法与迭代算法整合； 3. 目前，性能最优。 Evaluation only. Created with Aspose.Slides for .NET 3.5 Client Profile . Copyright 2004-2011 Aspose Pty Ltd. 5. 整合算法MUSCLE 算法分为三个部分，每个部分相对独立； 1. Draft progressive: (1) 对两条序列，计算距离采用k-mer的思想； (2) 用UPGMA算法构建引导树； (3) 使用渐进算法进行多序列比对； 优点：两条序列之间的距离不采用动态规划算法进行比对，节省时间。 Evaluation only. Created with Aspose.Slides for .NET 3.5 Client Profile . Copyright 2004-2011 Aspose Pty Ltd. MUSCLE 2. Improved progressive: (1)基于k-mer得到的树可能会产生次优结果，因此，采用Kimura距离的方法对k-mer产生的树重新计算距离矩阵； (2)重新用UPGMA构建进化树； (3)使用渐进算法进行多序列比对； Evaluation only. Created with Aspose.Slides for .NET 3.5 Client Profile . Copyright 2004-2011 Aspose Pty Ltd. 3. Refinement: (1)随机从进化树上挑出一条边，删除； (2)得到两组树，对每组树，计算profile； (3)将两组profile进行比对； (4)如果最终得分提高，保留结果，否则丢弃。 MUSCLE Evaluation only. Created with Aspose.Slides for .NET 3.5 Client Profile . Copyright 2004-2011 Aspose Pty Ltd. MUSCLE的算法流程 Evaluation only. Created with Aspose.Slides for .NET 3.5 Client Profile . Copyright 2004-2011 Aspose Pty Ltd. MUSCLE: 使用指南 /muscle/ Evaluation only. Created with Aspose.Slides for .NET 3.5 Client Profile . Copyright 2004-2011 Aspose Pty Ltd. MUSCLE的使用 Evaluation only. Created with Aspose.Slides for .NET 3.5 Client Profile . Copyright 2004-2011 Aspose Pty Ltd. 多序列比对：性能检验 1. BAliBASE：基于蛋白质结构，将同一家族的蛋白质序列进行多序列比较。 2. 检验多序列比对工具的性能：是否能够很好的重复BAliBASE中已明确的比对结果。 Evaluation only. Created with Aspose.Slides for .NET 3.5 Client Profile . Copyright 2004-2011 Aspose Pty Ltd. AMP结合酶的结构/序列比较 Evaluation only. Created with Aspose.Slides for .NET 3.5 Client Profile . Copyright 2004-2011 Aspose Pty Ltd. 性能比较 ProbCons：目前综合性能最好； T-Coffee：序列相似性高时最准确； DIALIGN: 序列相似性低时最准确； POA：性能接近T-Coffee和DIALIGN，速度最快； ClustalW/X: 最经典、被广泛接受的工具； MUSCLE: 目前最流行的多序列比对工具； Evaluation only. Created with Aspose.Slides for .NET 3.5 Client Profile . Copyright 2004-2011 Aspose Pty Ltd. 运算时间比较 Evaluation only. Created with Aspose.Sl
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