东南大学化学信息学期末复习.docVIP

1-introduction 药物发现过程：drug target和drug candidate Drug target药物靶点：药物与之相作用的特定大分子或生物系统。绝大多数为蛋白质，类型为多种受体和酶，还有核酸等生物大分子。 drug candidate候选药物：一般是在LEAD的基础上，加以结构修饰，可以后的一系列的CANDIDATE，与LEAD相比较，药效学及药动学性质的到了改善。（LEAD：就是先导化合物，一般结构较为简单，简单的说就是最终想得到的DRUG的结构删减版。）所谓候选药物是指拟进行系统的临床前试验并进入临床研究的活性化合物。 Ic50：是指被测量的拮抗剂的半抑制浓度。 药物开发流程：发现疾病—研发药物靶标—研发候选药物—动物实验—临床试验—形成成品 影响自由能：熵变、焓变 Lipinski规则 1. 氢键供体（连接在N和O上的请原子数）数目小于5； 2. 氢键受体（N和O的数目）数目小于10； 3. 相对分子质量小于500； 4. 脂水分配系数（logp）小于5。 Pubchem的功能 PubChem，即有机小分子生物活性数据，是一种化学模组的数据库。可以查看有机小分子的化学式、2D、3D结构式等。 数据库：pubchem、pubmed、ncbi（包括基因组、结构、蛋白序列等数据的数据库） 2-Representation of molecular 典范SIMILS 1．原子用在方括号内的化学元素符号表示。 2．氢原子常被省略。对于省略了方括号的原子，用氢原子补足价数。 3．双键用“=”表示；三键用“#”表示。 4．如果结构中有环，则要打开。断开处的两个原子用同一个数字标记，表示原子间有键相连。 5．芳环中的C、O、S、N原子分别用小写字母c,o,s,n表示。 6．碳链上的分支用圆括号表示。 InChI InChI编码是一串由斜杠（/）隔开的有层级关系的数字组成的。每个InChI编码都是由InChI版本号开始，接着一个主层号。主层下包括含化学分子式层、原子关系层和固定氢原子子层。基于分子结构的主层后往往接着一个附加的层，如电荷层、立体化学层（和/或）同位素信息层。 1.主层2.电荷层3.立体化学层4.异构体层5.固定氢原子6.再连接层 主层（main layer）：以“1”表示。 其中主层是必不可少的，其他的层是可以省略的。（InChI=1/C6H8O6/c7-1-2(8)5-3(9)4(10)6(11)12-5/h2,5,7-10H,1H2）（先对碳原子编号） 化学信息学的图论表示 原子—节点、键—边、原子的化合价—节点的度、原子的类型—节点的标号、键序—边的标号、分子—图的连结组成、具有独特象征的化学结构—具有典型节点标号的图。 邻接矩阵、距离矩阵、键矩阵 SDfile格式 3-Chemical databases and database searches PubChem可以得到的物质的信息 溶解性、毒性、化学式、核磁共振波谱、药物亲和力、PK/PD值、（药物传输值） 4-Molecular descriptors 分子描述符的介绍 所谓分子描述符, 是指分子在某一方面性质的度量, 既可以是分子的物理化学性质, 也可以是根据分子结构通过各种算法推导出来的数值指标。 分子描述符可以分为定量描述符和定性描述符。 根据描述符物理意义的差异可划分为组成描述符、分子性质描述符、拓扑描述符,几何描述符等20个模块 , 每个模块的描述符分别代表不同的化学信息。 分子描述符是表征分子属性的数值。 类型： 基于结构的（拓扑，几何） 基于属性的（实验得出或预测） 不同于编码信息的复杂性和计算time上 3300?分子描述符 分子动力学中势能函数公式的意义 分子势能函数导出了以原子对参数表示的多原子分子势能函数与力常数的表达式。 5-Regression 最小二乘法原理 在我们研究两个变量（x,y）之间的相互关系时，通常可以得到一系列成对的数据（x1,y1.x2,y2... xm,ym）；将这些数据描绘在x -y直角坐标系中，若发现这些点在一条直线附近，可以令这条直线方程为： 其中：a0、a1 是任意实数 为建立这直线方程就要确定a0和a1，应用《最小二乘法原理》，将实测值Yi与利用（式1-1）计算值（Yj=a0+a1X）的离差（Yi-Yj）的平方和?最小即偏导数为零为“优化判据”。当其最小时便可得a0和a1的最优解，带入所得式即为一元线性回归方程。 Y=bx+a a=y(平均)-b*x（平均） 相关系数 相关系数是研究变量之间线性相关程度的量，介于-1和1之间，越接近0越不相关。 残差图类型 “残差图”以回归方程的自变量为横坐标，以残差为纵坐标，将每一个自变量的残差描在该平面坐标上所形成的图形。 多元线性回归模型基