DNA 序列的统计游戏解析.ppt

DNA 序列的統計遊戲Statistical Games in DNA Sequences 東海大學物理系?施奇廷 2004/10/05 計算科學總論 摘要 DNA 序列，可以說是生命奧秘的「有字天書」。隨著定序技術越來越發達，投入的經費與人力越來越多，我們已經知道的序列已經達到數百億個鹼基對之多，但是我們對這部天書該如何讀卻所知有限。除了生物學家的正攻法之外，物理學家們想出了一些怪招來研究這些序列，得到許多有趣的結果。雖然距離真正破解生命密碼還有很遙遠的距離，卻也在意想不到的方向上，跨出了一小步。在這次演講中，我們將介紹與 DNA 有關，基本的遺傳學基本知識，重頭戲當然是要介紹這些至今還是被許多人是為邪魔歪道或是雕蟲小技的研究方法，告訴大家如何拿這些長篇累牘的序列來玩一場統計遊戲。 Outline 什麼是 DNA 基因學研究簡史 DNA 「走路」 DNA 的「肖像」 結語 What is DNA? 一種巨大的長鍊狀分子 由一連串的核苷酸組成 生命訊息的層級 生物體 細胞 DNA 核苷酸 鹼基對 核苷酸鹼基 Guanine (G，鳥嘌呤)，Adenine (A，腺嘌呤)， Cytosine (C，胞嘧啶)，Thymine (T，胸腺嘧啶) What is DNA? A Photo What is DNA? A Schematic View Nucleotides The Book of Life Brief History of Genetics 1860: Mendel 1860年代，奧地利神父孟德爾（Gregor Mendel, 1822-1884）發現豌豆中有某種成對的「因子」可以決定遺傳性狀。 1869: Miescher 1869年，瑞士生物學家 Johann Miescher (1844~ 1895) 在病患繃帶的膿汁中發現一種新物質，由於是在細胞核中，他將之取名為「核素」(nuclein)，此即為DNA（去氧核糖核酸）。 1928: Griffith 1928年，英國軍醫Frederick Griffith (1881~1941) 以老鼠實驗發現，將活的良性肺炎雙球菌與死的惡性肺炎雙球菌混合，可以引起轉型，得到活的惡性菌，使老鼠死亡。 1908: Morgan Thomas Morgan (1866 ~1945) 首先利用果蠅來研究遺傳學，他發現有許多基因是一起遺傳的，因此推測有些基因在染色體上的位置是相連的，並且訂出了果蠅的基因圖譜。Morgan於1933年獲得諾貝爾生理及醫學獎。 1942: Beadle Tatum 1942年，George Beadle (1903~1989) 與 Edward Tatum (1909~1975) 以麵包上的紅黴菌實驗證實，DNA上所帶的遺傳訊息，其功能是製造特定的蛋白質。他們獲得了1958年的諾貝爾生理與醫學獎。 1949: Chargaff 1949年，Irwin Chargaff (1905~) 提出了所謂的 Chargaff 法則：DNA中的四種核甘酸：A與T的含量相同，C與G的含量相同，推翻了過去ATCG含量均勻的假說。 1953: The Discovery of Double Helix 1951年，Rosalind Franklin 得到DNA分子的X-ray繞射照片，1953年，Watson與Crick解出了DNA的雙螺旋結構，此為分子生物學的大躍進。 1955: Sequence of Insulin 英國科學家 Fred Sanger 定出了胰島素的氨基酸序列（長度為51個氨基酸），獲得1958年諾貝爾化學獎。 1966: Genetic Code Marshall Nirenberg 與 H. Gobind Khorana 研究小組找到了遺傳碼（genetic code）。在DNA序列中每三個核甘酸鹼基代表一個氨基酸，稱為一個「編碼子」（codon）。他們因此獲得了1968年諾貝爾獎。 1977: Sequencing the DNA Fred Sanger開發出「連續反應中斷」（chain termin-ation）定序法定出了一個病毒的完整序列5375個碼，這是當時最簡便的DNA定序法，也是後來自動定序的基礎，使他獲得1980年諾貝爾化學獎。 1989:The Human Genome Project 20世紀末，美國國家衛生院、英國衛康基金會、以及後來加入的民間組織TIGR，一起推動了堪稱與登陸月球重要性相當的「人類基因組計畫」（Human Genome Project, HGP） The Human Genome 1999 December 2 Chromosome 22 completed (47.7 Mb) 200