举例演示利用ORFfinder(NCBI)搜索E.coli部分基因组序列上的ORF知识.pptVIP

利用ORFfinder（NCBI）搜索E.coli部分基因组序列上的ORF  当一个新基因被识别，其DNA序列被解读，我们能搞清相应的蛋白序列是什么吗？ 那么我们怎么样能知道相应的蛋白序列是什么呢？ 在没有其它信息的前提下，DNA序列可以按六种框架阅读和翻译（每条链三种，对应三种不同的起始密码子）。ORF识别包括检测这六个阅读框架并决定哪一个包含以启动子和终止子为界限的DNA序列而其内部不包含启动子或终止子，符合这些条件的序列有可能对应一个真正的单一的基因产物。 在细菌基因组中，基因很少有内含子的中断。因此，检测基因的有效途径是对基因组序列进行六个可读框的翻译并识别长的可读框(ORF)。 ORF的识别是证明一个新的DNA序列为特定的蛋白质编码基因的部分或全部的先决条件。 什么是 ORF？ ORF（开放阅读框 ）:是一段较长（300bp）的有义密码子序列，位于 起始密码子 (usually, ATG) 和 终止密码子 (无义密码子, TGA, TAG or TAA)之间。 NCBI ORF finder ORF Finder? 是一个图形的序列分析工具，通过执行六个可读框的翻译，分析并找到序列的ORF区(开放读码框架)，这个工具使用标准的或其它特殊的遗传密码子列出所有可能的ORF区，并推导出氨基酸序列。对于复杂的真核生物基因组，则需要更复杂的统计分析方法。 1，输入G