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第四章 数据库检索 任间 renjian@biocuckoo.org NCBI数据资源 Nucleotide: 核酸序列数据库 PubMed: 生物医学科学文摘数据库 GEO：基因表达谱数据库。收集存储微阵列基因表达数据 Protein: 蛋白质序列数据库 SNP: 单核苷酸多态性数据库 Taxonomy: 物种分类学数据库 Gene: 基因数据库。提供序列及基因描述信息 Structure: 大分子三维结构数据库 3D Domains: 特定功能域的三维结构数据库 UniGene: GenBank分离的非冗余基因簇。包含已确定基因和EST。每个簇包含唯一的非冗余的基因序列、表达的组织类型和基因图谱位点。 UniSTS: 序列标签位点数据库，用于作图位点 PopSet: 人口研究数据库 Books: 在线生物医学图书数据库 OMIM: 在线人类孟德尔遗传目录数据库 Conserved Domains: 保守结构域数据库 Cancer Chromosomes: 癌症染色体数据库 Homologene: 基因同源物数据库 Journals: 杂志及出版社信息数据库 Genome: 基因组数据库，提供完成的基因组/染色体图形 GDS: GEO的基因表达实验与生物芯片数值结果数据库 Entrez 检索规则 逻辑运算符（大写）： AND ，OR，NOT 运算过程由左至右，（）部分优先 空格分隔默认逻辑关系为 AND 多个单词短语加双引号 模糊检索使用 * 用[ ]限定字段，如限定基因名称为ATG1的检索 ：ATG1[GENE] 数据库使用实例 序列数据查询实例 某天，Prof. Gene发现人的Hela细胞中，有丝分裂期间有异常情况：细胞不再分裂，而是开始凋亡(表型，phenotype)，通过实验的方法(例如，酵母双杂交)，发现了与有丝分裂期间某个蛋白可能相互作用的一个基因，测序结果如下(genotype)： 问题一：这是哪个基因？ NCBI: BLAST nucleotide blast Megablast: 找基因序列 提交序列 NM_001168.2 BIRC5(survivin) Gene info: 17号染色体 功能注释：Gene Ontology 结论一 1. 该基因为人的BIRC5(survivin)基因，染色体定位：17号染色体73733311；基因标识符：NM_001168.2; 2. 初步的功能分析：细胞周期，caspase酶的抑制因子，等等。 问题二：编码的蛋白质序列是怎样的？ NM_001168.2 获取蛋白质的序列信息 NP_001159.2：142aa 结论二 人的Survivin蛋白质包含142个氨基酸，序列标识符为：NP_001159.2 问题三：有没有保守的功能结构域 (domain)？ 获取FASTA序列 FASTA格式的序列 find conserved domains 填入蛋白质的FASTA序列 BIR domain 结论三 Survivin具有保守的功能结构域BIR 问题四：它的功能是怎样的？ UniProt: 蛋白质数据库 在人中做BLAST搜索 O15392 BIRC5的蛋白质信息 功能注释 结论四：功能分析 1. 在瘤形成过程中可能起一定作用； 2. 阻碍G2/M期的细胞编程性凋亡； 3. Chromosomal passenger complex (CPC)的成员之一。 细胞亚定位：胞质，核。 …… 问题五：它在真核生物中保守吗？ ExPASy Blast 在酵母中进行序列比对 酵母BIR1: P47134 酵母BIR1的信息 结论五： 人的Survivin在酵母中的同源物可能是BIR1。 问题六：有没有三级结构信息？ PDB：三级结构数据库 PDB的三级结构信息 用Jmol显示三级结构 PDB的三级结构信息 Raswin: 三级结构显示 总结 现在，Prof. Gene知道了： 1. 该基因为人的Survivin基因，染色体定位：17号染色体73733311；基因标识符：NM_001168.2; 2. 人的Survivin蛋白质包含142个氨基酸，序列标识符为：NP_001159.2 3. Survivin具有保守的功能结构域BIR 4. Survivin的细胞亚定位：胞质，核，其功能有： (1) 在瘤形成过程中可能起一定作用； (2) 阻碍G2/M期的细胞编程性凋亡； (3) Chromosomal passenger complex (CPC)的成员之一。等等。 5. 人的Survivin在酵母中的同源物可能是BIR1。 6. Survivin的三级结构已知，在PDB中的标识符为1E31。 作业 某天，Prof. Gene在小鼠(Mu