中国科技大学课件系列：《生物信息学》3.PPTVIP

生物信息学 第三章 序列比对 为什么要序列比对？ 寻找进化过程中的同源序列; 基于同源物鉴定的功能预测; 基本假设： 序列的保守性 功能的保守性 注意： 1. 蛋白质一般在三级结构的层面上执行功能； 2. 蛋白质序列的保守性决定于其编码DNA的保守性； 通常 本章内容提要 第一节：数学基础：概率及概率模型 第二节：双序列比对算法的介绍 Dot matrix 动态规划算法 (Needleman-Wunsch, Smith-Waterman算法) FASTA和BLAST算法 第三节：打分矩阵及其含义 第四节：多序列比对 第一节 序列比对的数学基础 排列组合 从N个物品中取出k个物品的排列数： 从N个物品中取出k个物品的组合数： 概率模型 概率模型:一个能够通过不同的概率产生不同结果的模型。概率模型可以模拟或者仿真某一类型的所有事件，并且对每个事件赋予一个概率。 色子模型：一个色子存在6个概率值：p1,p2,…, p6，其中，掷出i的概率为pi(i=1,2,… ,6)。因此： pi≥0，且 考虑三次连续的掷色子，结果为[1，6，3]，则总概率为：p1p6p3 概率分布 考虑连续变量x，例如：物体的重量。则当重量确切为1公斤时的概率，为0。 变量的区间：P(x0≤x≤x1) 当区间无限小 - 0时，上式： P(x -δx/2 ≤x≤x +