分子动力学分析报告.ppt

分子动力学方法;Outline;分子动力学方法;计算机模拟方法—分子动力学方法;...everything that living things do can be understood in terms of the jigglings and wigglings of atoms. Richard Feynman;;分子动力学方法分类;Solving the equations of motion numerically;Solving the equations of motion numerically;Verlet 算法;;Velocity Verlet Algorithm;May 2001; 在分子动力学模拟计算中，时间步长h 的选取是很重要的。 为了减小误差，时间步长 h 必须取小些，但如果太小，趋于平 衡所需要的时间就越长。因此，为了更快的趋于平衡，h 又应 该取得大些，即让粒子在相空间的步伐大一点。 一般时间选为1fs Adjust to get energy conservation to 1% of kinetic energy.;May 2001;分子动力学程序流程图 有关问题 1、初始条件 a) 位置 b) 速度 2、时间步长的选取 3、如何计算作用力 4、如何判断体系已稳定 5、分子动力学中潜在问题 ;;初始条件给定的方法; 在给定初始位置时，可以根据一些实验数据（XRD等）来确定。;分子动力学方法; 体系中粒子的运动是无规则的，但其速度满足麦克斯韦速率 统计分布规律或玻耳兹曼统计分布规律;什么是力?;原子间相互作用势？;常用势模型（一）;Born和Mayer根据Van de waals理论提出了一种对势模型。即在Coulomb势上附加一Tail。 ;F-S多体势 ;嵌入原子势（EAM） ;不同的势模型一般只能描叙不同的原子体系，因此在寻找势模型时，要特别小心谨慎，决不能生搬硬套。;Force Field;Molecular Dynamics;Molecular Dynamics;Molecular Dynamics;Molecular Dynamics;Molecular Dynamics;Molecular Dynamics;如何计算作用力;May 2001;边界条件及尺寸;周 期 性 边界条件;;如何判断体系已稳定;;例：考虑一个单粒子在力位势场中运动体系。;单粒子问题的解析解;单粒子问题的图解;单粒子问题;尤拉公式;单粒子问题的图解;单粒子问题的时间步长;相轨迹图比较;问题;总 结;10-10;Constant Temperature MD;Thermostats are needed in non-equilibrium situations where there might be a flux of energy in or out of the system. It is time reversable, deterministic and goes to the canonical distribution but: How natural is the thermostat? Interactions are non-local. They propagate instantaneously Interaction with a single heat bath variable-dynamics can be strange. Be careful to adjust the “mass” REFERENCES S. Nose, J. Chem. Phys. 81, 511 (1984); Mol. Phys. 52, 255 (1984). W. Hoover, Phys. Rev. A31, 1695 (1985).;Quench method;Nose-Hoover thermostat;Effect of thermostat;May 2001;Can “automatically” find new crystal structures Nice feature is that the boundaries are flexible But one is not guaranteed to get out of local minimum One can get the wrong answer. Careful free energy calculations are needed to establish stable structur