编号农业微生物研究中心[青枯雷尔氏菌-20101120]共8页承担单位.doc

编号：生物[青枯雷尔氏菌 共8页 承担单位：福建省农科院农业生物资源研究所 试验设计： 试验项目：青枯雷尔氏菌RS91和RS98预测基因的 GO注释及功能分类 ——基于uniprotKB、GOA及GO 初步构建基因功能注释平台 试验人员：唐唯其 试验负责： 报告日期：2010-11-20 计数月份：2010年11月 研究资格系数 (0.5-1.0) 实验设计系数 （0.9-1.0） 报告得分 总分 实验设计 实验记载 实验分析 实验简报 实验文章 1-20% 21-40% 41-60% 61-80% 81-100% 1%-5% 设计，实施实验，记载，分析清晰，结论清晰文献完整，发表水平 农业微生物研究中心 电话: 0591 传真: 0591 试验目的 本实验的目的是在本地初步构建一套基因注释平台，这个平台基于和UniProt（包括swiss-prpt和trEMBL）的同源比对，通过uniprot GOA（GO gene Association）获得基因的GO（Gene Ontology）注释。 本次实验将对青枯雷尔氏菌RS91和RS98预测基因在本地进行GO注释。 实验内容 2.1 建立本地数据库，构建平台所需的数据 本次实验将基于UniProtKB（包括swiss-Prot和trEMBL）和uniprot GOA（GO gene Association）构建一个基因功能的GO（Gene Ontology）注释平台。因此需要从uniprot网站、GO网站或者EBI网站下载大量数据，考虑到本地数据库的更新，下载数据将通过一个简单的bat脚本实现，该脚本调用wget下载工具，可实现镜像方式的下载，而且能够方便地定期更新。 下载uniprotKB（/）的swiss-prot和trEMBL，前者是有报道过的蛋白质序列数据库，后者是翻译自EMBL核酸序列的蛋白质数据库，是未经报道过的。 从uniprot的FTP进行下载： /pub/databases/uniprot/current_release/knowledgebase/complete/uniprot_sprot.fasta.gz /pub/databases/uniprot/current_release/knowledgebase/complete/uniprot_trembl.fasta.gz 或者从EBI的FTP进行下载： ftp://ftp.ebi.ac.uk/pub/databases/uniprot/current_release/knowledgebase/complete/uniprot_sprot.fasta.gz ftp://ftp.ebi.ac.uk/pub/databases/uniprot/current_release/knowledgebase/complete/uniprot_trembl.fasta.gz 或者从Expasy的FTP进行下载： /databases/uniprot/current_release/knowledgebase/complete/uniprot_sprot.fasta.gz /databases/uniprot/current_release/knowledgebase/complete/uniprot_trembl.fasta.gz 在这三个FTP服务器的current_release目录下总是放置最新的uniprot版本，可从任一FTP下载。 另外，从UniProt网站还可以下载uniref数据库，这是一个对uniprot蛋白序列进行聚类之后的数据库，去除了冗余数据，也常用于基因注释。 uniref的下载地址如下： /pub/databases/uniprot/uniref/uniref100/uniref100.fasta.gz /pub/databases/uniprot/uniref/uniref90/uniref90.fasta.gz /pub/databases/uniprot/uniref/uniref50/uniref50.fasta.gz uniref100、uniref90和uniref50分别以100%，90%以及50%的相似度进行聚类。 uniprot的GOA（GO Gene Association）是将uniprot蛋白质序列和GO ID关联的一个文件。GOA Slim则是前者的简要版本。通过该文件可以寻找到每个uniprot序列的GO注释。 uniprot的GOA下载，可从GO的FTP进行下载，地址如下：