采用粒子群优化的基因转录差异分析模型.pdfVIP

29 卷 2 期 中国生物医学工辍学报 Vol. 29 No.2 April 2010 2010 年 4 月 ChiTU!se }oumal 0/8iomedical EngiTU!ering 采用粒子群优化的基因转录差异分析模型 冯伟兴* 王科俊 (哈尔滨工程大学模式识别与街能系统研究所，哈尔~ 15以)()l) 摘 要:高通测序技术可以更加全面地检测实验样本中基因转录水平，这使得对样本间基闵转录差异的分析精度 越来路准确。根据通过 DNA 高通测序技术获得的基因转隶区内 Pol H 避自个数，提出了两个样本间慕闲转求羡异 分析模税。该模型型在考虑问一基因间转录袭异的同时，引入了全荡困的转录分布特性以提高模型分析精度。模哥旦 采用预测概率最大化统计算法进行参数求取。在概率最大化步骤中，由于难以得到模糊参数解析解和提高算法效 率，采用校子群优化算法直接进行求取模现参数数值解。事L 腺癌实验数据测试表明，该筷现可有效分析不同样本 间基因转承蒙界。 关键诩:基因;转没差异:粒子群;分析模型 中阁分类号 Q332 X 献标识码 A 文黛缩在普 0258-8021 (2010 )02 ..Q229 ..Q6 A Model for Analyzing Gene Transcription Difference Using Particle Swarm Optimization FENG Wei-Xing. WANG Ke-Jun ( Pattem Recognilion and Intelligent Sy.tem Institute 0/ Harbin Engineering Uni?r;ity, Harbin , Heilongjiang 15 ω01 ， China) Abstrad: Gene transcriptional level in an experiment can be more widely measured with high-throughput sequencing technology , which can obviously ímprove the analysis accuracy of gene transcriptíonal change between two experimental samples. Using number胃。f Pol 11 proteins contained inside each gene transcription region checked with DNA sequencing technology. a novel model was propo自 ed to analyze gene transcriptíon change consídering gene transcription levels and the whole genome transcriptional distributíon factor as well. Expectation-maximization (EM) statistics algorithm was util