Linux系统常用命令格式.doc

MPI并行程序的编译和运行（适用于数学楼机房，其它并行环境下可能有所区别） 源程序的编译（C语言）: mpicc [选项] 源程序 其中常用选项有： -c ：只编译，不链接，即只生成目标文件（.o 文件） -o filename ：指定输出的文件名，缺省通常为 a.out -Ipath ：指定（增加）头文件（如 *.h）的搜索路径（目录） -Lpath ：指定（增加）库文件的搜索路径（目录） -lname ：与库文件 libname.a 链接 优化开关：-O，-O2，-O3，等，常用为 -O2 -g ：使得目标码中包含源文件名、行号等信息（用于程序调试） 例：mpicc –O2 –o hello_world hello_world.c 源程序的编译（Fortran）: mpif77 [选项] 源程序 其中常用选项有： -c ：只编译，不链接，即只生成 .o 文件 -o filename ：指定输出文件名，缺省为 *.a，a.out 等 -Ipath ：指定（增加）包含文件（如 *.h）的搜索路径（目录） -Lpath ：指定（增加）库文件的搜索路径（目录） -lname ：与库文件 libname.a 链接 优化开关：-O，-O2，-O3，等等 -g ：使得目标码中包含源文件名、行号等信息（用于程序调试） -Wno-globals ：忽略一些警告消息 例：mpif77 –O2 -Wno-globals –o hello hello.f 用mpirun提交并行任务 mpirun -np 4 -machinefile nodename 可执行文件 -np 用于指定启动的进程数，这里启动4个进程； 可执行文件 是用户所要提交的任务，即编译生成的可执行文件。 文件 nodename中包含的是结点的机器名，一行写一个。 例：mpif77 –O2 -o cpi cpi.f mpirun –machinefile host -np 8 cpi ( mpirun –f host -np 8 cpi ) 在机群上通过联想的作业调度软件递交作业 首先登录到机群服务器（ssh 222.204.244.252），将你的并行程序重新编译一次，生成相应的可执行文件； 由于机群使用的是联想的ljrs作业调度软件，所以必须通过ljrs脚本提交并行作业；下面是一个 ljrs 脚本模板，递交并行作业时只需在其基础上进行适当修改即可：#!/bin/bash # Job name #LJRS -N cpi # Queue name #LJRS -q dpool # Number of nodes and process per nodes #LJRS -l nodes=2:ppn=2 # Name of your program need to run prog=a.out cd $LJRS_O_WORKDIR NPROCS=`wc -l $LJRS_NODEFILE` mpirun -v -machinefile $LJRS_NODEFILE -np $NPROCS $prog 注：第一行不要改动；第二行是个解释语句；第三行用来指定任务的名称，这里是 cpi，你可以根据自己的需要进行修改（不一定要与你运行的程序同名）；第四、五、六行不需要改动；第七行表示使用多少个结点、每个结点开多少个进程来运行你的任务，如 nodes=3:ppn=4 表示用3个结点，每个结点启动4个进程，共12个进程；第八行不需要改动；第九行是指定你所需运行的（可执行）文件，如prog=a.out 表示运行的可执行文件名为a.out；最后几行不需要修改。 脚本写好后保存为myjob（即脚本文件名），然后通过下面的命令来提交并行任务 qsub myjob 任务递交成功后，系统会返回一个任务号（或作业号），如： 85.console 其中85表示任务号，后面的console表示从哪个机群递交的任务。任务运行完成后会 生成两个文件：标准输出和标准错误，分别为 cpi.o85和cpi.e85，其中“cpi”是 任务名，“o”和“e”分别表示output和error，“85”是任务号。 一些常用命令 查看可用结点使用情况：shownodes 查看作业队列：showq 查看指定作业的状态：qstat –f 作业号 检查指定作业的情况：checkjob –v 作业号 删除作业：qdel 作业号 例： qstat –f 85 表示查看85号作业 qdel 85 表???取消85号作业 LJRS介绍 LJRS是联想资源管理与作业调度系统