山鹧鸪属鸟类线粒体基因组的比较及系统发育研究_李雪娟详解.pdf

Hereditas (Beijing) 2014 年 9 月, 36(9): 912―920 研究报告 山鹧鸪属鸟类线粒体基因组的比较及系统发育研究 李雪娟 1，黄原 1，雷富民 2 1. 陕西师范大学生命科学学院，西安 710062； 2. 中国科学院动物研究所动物进化与系统学院重点实验室，北京 100101 摘要: 海南山鹧鸪(Arborophila ardens)对生境选择比较严格，种群数量稀少，属于濒危物种。为进一步研究山 鹧鸪属的进化和系统发育关系，文章利用 Illumina Hiseq2000 高通量测序技术获得了海南山鹧鸪线粒体全基因 组序列，从比较基因组学角度分析了 4 种山鹧鸪鸟类的线粒体基因组特征，并探讨了山鹧鸪属鸟类的系统发育 地位。研究结果表明：(1) 海南山鹧鸪线粒体基因组长度为 16 730 bp，编码 13 个蛋白质编码基因、2 个核糖 体 RNA 基因、22 个转运 RNA 基因以及 1 个控制区；(2) 山鹧鸪属物种受到了纯化选择的作用，且在进化过程 中积累了更多的非同义替换；(3) 山鹧鸪属位于雉科鸟类系统树的基部位置，其中白眉山鹧鸪与红喉山鹧鸪互 为姐妹群，海南山鹧鸪位于山鹧鸪属的基部位置，与其他 3 种山鹧鸪鸟类的亲缘关系较远。 关键词: 海南山鹧鸪；线粒体基因组；比较基因组学；系统发育 Comparative and phylogenomic analyses on mitochondrial genomes of Arborophila species Xuejuan Li1, Yuan Huang1, Fumin Lei2 1. School of Life Sciences, Shaanxi Normal University, Xi’an 710062, China; 2. Key Laboratory of Zoological Systematics and Evolution, Institute of Zoology, Chinese Academy of Sciences, Beijing 100101, China Abstract: Arborophila ardens, an endangered species, has a strict habitat preference and sparse population. In order to further study evolution and phylogenetic relationship of Arborophila, the mitochondrial genome (mitogenome) of A. ardens was obtained by Illumina Hiseq2000 high-throughput sequencing. The comparative genomic analyses were made among four Arborophila species, and phylogenetic relationship of Arborophila was discussed. The results revealed that: (1) the complete mitogenome of A. ardens is 16 730 bp in length, including 13 protein-coding genes (PCGs), two ribosomal RNA genes (rRNAs), 22 transfer RNA genes (tRNAs) and a control region (CR); (2) Arborophila species were affected by purifying se- lection, and more nonsynonymous substitutions were accumulated in the