α-变形菌纲新的保守特征性插入缺失.pdfVIP

微生物学杂志 2016年4月第 6卷第2期 JOURNAL OF MICROBIOLOGY Apr. 2016 Vol. 6 No.2 1 ·大家专版· 吕志堂，博士，河北大学生命科学学院教授、硕士生导师，生物技术系主任。兼任河北省微生物学会 副理事长、河北省生物工程学会常务理事、中国微生物学会永久会员、BISMiS创始会员、《微生物学杂 志》编委和河北大学教指委委员等。长期从事微生物资源与系统学研究及相关课程的教学，省级精品 课《微生物学》负责人；主持和参加完成国家自然科学基金、河北省自然科学基金和载人航天预研项目 等14 项，目前承担国家科技重大专项、河北省自然科学基金和企业合作项目等4 项；发表论文40 余篇， 其中SCI收录论文10余篇；在国际上首先将包括核糖体蛋白在内的核心蛋白序列用于微生物系统学研 究，证明串联核糖体蛋白序列和核心蛋白序列较之16S rRNA基因序列能更好的揭示微生物的进化关 系，相关研究论文被BioMedLib评为2012年以来Top20 Articles第5。获河北省科技进步三等奖和河北 省自然科学三等奖各1项，发明专利1项，出版专著1部，教材2部。 α-变形菌纲新的保守特征性插入缺失 1，2 1 1 1 吕志堂 ，王 静 ，周燕霞 ，张维维 （1.河北大学生命科学学院河北省微生物多样性研究与应用实验室，河北保定 071002； 2.药物化学与分子诊断教育部重点实验室（河北大学），河北保定 071002） 摘 要 在基于16SrRNA基因的分类系统中 -变形菌被定为变形菌门的一个纲。本文根据系统发育基因组 α 学分析，首次发现并鉴定了α-变形菌纲普遍存在的5 个保守特征性插入缺失（CSIs）。2 S rRNA基因具有 1 个98~105 nt 的特征性缺失和1个5~7 nt 的特征性插入，DNA复制解旋酶（DnaB）具有1个17 ~29 aa 的特 征性插入，精氨酰-tRNA合成酶（ArgRS）具有1个15 aa的特征性插入，DNA促旋酶A亚基（GyrA）具有1个27 ~6 aa的特征性插入。 -变形菌纲的这些CSIs使得该纲与包括变形菌门其他纲在内的其他细菌显著区分开 α 来，为该群细菌系统发育及系统分类研究提供了可靠手段。 关键词 -变形菌纲；保守特征性插入缺失；系统发育基因组学 α 中图分类 Q9 文献标识码 A 文章编 1005-7021（2016）02-0001-07 doi：10. 969/ j.issn.1005-7021.2016.02.001 Novel Conserved Signature Indels of the Class -Proteobacteria α 1，2 1 1 1 LYU Zhi-tang ，WANGJing ，ZHOU Yan-xia ，ZHANG Wei-wei （1. College of Life Sciences，Hebei University and Key Laboratory of Microbial Diversity Research andApplication of Hebei rovince，Baoding，071002；2. Key Laboratory of Medicinal Chemistry andMolecular Diagnosis of theMinistry of Education（Hebei Unive