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基因芯片实验设计的影响因素 基因芯片对于同时研究成千上万的基因表达是一个强有力的技术，这种新技术在生物学、农学、医 学等都有重要的应用，但严谨的实验设计是充分发挥基因芯片技术优势的基础[1]。基因芯片实验同其它实 验设计一样需要考虑因素与水平，但基因芯片实验又有它的特殊性，因此为了减少基因芯片实验和数据 分析的误差，仔细地进行实验设计显得尤为重要。我们以自己研究的经验为基础结合国外研究动态对基 因芯片实验设计探讨如下。 1 研究目的是实验设计的基础 基因表达谱的差异包括三层[2]，一是生物差异（上层）：生物差异是所有生物的内在本质，除遗传和 环境因素影响外与样本有密切的关系。如不同人群中的个体差异、同一个体不同标本之间的差异。二是 技术差异（中层）：技术差异是由于样本的提取、标记和杂交等引起的差异，如同样的 mRNA 样本不同 标记反应之间的差异等。三是测量误差（下层）：测量误差是与阅读荧光信号相关，因为荧光信号可能被 芯片上的灰尘等所影响。基因表达谱的研究目的就是要寻找生物差异，故实验设计的目的是尽量减少技 术差异和测量差异对实验的影响，从而使数据的分析和结果的解释尽可能简单有力。基因芯片实验设计 的问题包括决定样本标记什么样的染料？那些样品在同一张芯片上杂交？另外如果 RNA 样本有限，或者 芯片数目有限制（如研究经费不足），我们又应当如何设计实验等一系列问题。但基因芯片设计最重要取 决于研究的目的，只有当研究的设计与目的一致时我们才可能达到我们的研究目的[3,4]，基因芯片实验的 研究目的包括如下三方面。 1.1 类别比较（class comparison） 类别比较是指对一些类别已经明确的实验样本之间进行基因表达谱的比较。比如 Hedenfalk et al[5]比 较 Brca1 基因突变乳腺癌、Brca2 基因突变乳腺癌以及没有上述基因突变的乳腺癌之间的差异基因表达谱。 Golub et al [6]对急性淋巴细胞白血病和急性粒细胞白血病之间的基因表达差异。Ross et al [7]比较了来源于 不同组织的癌细胞的差异表达等。人们通过这些实验主要想达到三个目的：一是这些不同种类样本之间 是否存在差异基因表达谱，二是哪些基因在不同种类样本之间存在差异表达；三是通过筛选基因的表达 水平对不同样本进行判断，从而降低误判率。 1.2 预兆预报(prognostic prediction) 一些芯片研究是为了探测在基因表达谱和临床结果之间是否存在关系，以便进一步研制基于基因表 达谱基础上的预兆预报系统[8]。例如一些药物遗传学研究企图知道那些患者在有效剂量内可能中毒等。 1.3 类别找寻(class discovery) 基因芯片研究的另一个目的就是类别找寻，这是基于样本之间存在重要的生物学差异，比如临床和 形态上的相似可能在分子上获得区别[9]。又如肿瘤通常以原发的器官而命名，亚型是以细胞的类型进行分 类。通常以形态学和组织学不能探测起源细胞。很多有关癌症的基因芯片研究目的就在于肿瘤的分类， 这些研究可能揭示疾病的生物特点，通过鉴定治疗的分子靶标为改进疾病的治疗铺平道路。 2 基本的实验设计方案 2.1 单因子实验设计（single-factor experiment design） 单因子实验是指整个试验中只比较一个试验因子不同水平的试验。单因子试验方案由该试验因子的 所有水平构成。基因芯片的单因子实验设计包括直接与间接比较，所有的双色基因芯片检测都是成对比 1 较，比如治疗和非治疗之间、突变和野生型生物或者来源于不同组织的细胞之间的比较等。如图 1，假如 我们想比较样本 T 和 C 的基因表达水平，就可以在同一张基因芯片上进行比较。差异基因表达可以通过 Log2T/C 来计算，Log2T 和 Log2C 的值来自样本 T 和 C。由于它们来自于同一杂交，我们称之为直接比较。 另外 Log2T 和 Log2C 可以在 2 个杂交中获得，T 和 C 的检测都