新非编码RNA及其基因的系统发现和“双色网络”构建2009CB825400-G.doc

PAGE  PAGE 22 项目名称：新非编码RNA及其基因的系统发现和“双色网络”构建首席科学家：陈润生 中国科学院生物物理研究所起止年限：2009.1至2013.8依托部门：中国科学院 一、研究内容 长期以来人们认为生物体的复杂结构和功能是由基因及其表达的蛋白质决定的。但生命并不是一群蛋白质分子的堆集，它是高度有组织的。生物分子组成细胞，细胞构成组织，组织形成器官并进而构成系统。细胞核与细胞质有作用；细胞与细胞间有联系；组织与组织间有分工；器官与器官间有协同。因此一个正常生存的生物个体是极端有序的，是多层次的，是动态的。他是由亿万年的进化才由无序到有序，由简单到复杂的。因此，生物体的复杂性并不仅仅表现在DNA及其表达的蛋白质的复杂性上，还表现在多种生物分子之间以及它们与环境的相互作用上。生物分子的复杂相互作用通常构成各种生物pathway和生物网络。目前对蛋白-蛋白相互作用网络、基因表达调控网络、代谢网络和信号转导网络等重要生物网络的静态、动态特征都有大量的理论与实验研究工作，它已成为了解真实生物结构（如：细胞）和功能以及多种疾病发生的重要基础。但这些网络基本上是以蛋白质为元件的。 近年来大量的高等生物全基因组水平的转录研究和“DNA元件百科全书”计划（Encyclopedia?of?DNA?Elements，简称ENCODE）日前发表了一系列重要研究成果表明：基因组本身具有极其复杂的结构，蛋白编码基因只不过是众多具有特定功能的DNA序列元件的一种。单个基因、各种调控元件以及非编码的其它类型的功能DNA序列之间有着复杂的相互作用，共同控制着人类的生理活动。这些结果促使我们重新考虑长期以来关于“基因”的概念和对于基因组功能元件及组织机制的认识。多年来从蛋白编码基因入手研究对于生命过程非常重要的生物途径（胚胎的早期神经肌肉发育、DNA损伤修复等）却无法正确和全面阐释其作用机制及与疾病发生的关系。近几年的研究表明非编码RNA在这些途径的基因表达调控中发挥着至关重要的作用。因此，若想全面理解生命???程的本质，就必须将对蛋白编码基因的研究和对非编码RNA的研究结合起来，阐明非编码RNA的功能及其与蛋白编码基因间的相互作用关系。研究也发现人类基因组中有93%的DNA都会转录成RNA，转录产物中有大量的非编码RNA，只有小部分产物是mRNA，用来编码蛋白质。过去，如果我们认为生物网络是以蛋白质为组件构建而成的，是单色的，那么，未来的生物网络应当是由蛋白质和非编码RNA两类元件共同构成的，是双色的。为此，我们认为引入“双色网络”的概念到生物网络和系统生物学研究当中是极为必要的，这也为更全面地认识生命活动与疾病发生提供了新的理论和依据。 本项目拟解决以下关键科学问题： 1）发现新的非编码RNA和新的非编码RNA家族； 2）系统研究非编码RNA在中枢神经系统形成和神经导向、DNA损伤修复、神经和肌肉早期发育中的功能以及调控机制，探索编码RNA和非编码RNA的相互作用网络； 3）构建非编码RNA的蛋白-蛋白相互作用网络与基因表达调控网络模型—双色网络模型。 本项目的主要研究内容是：系统地研究非编码RNA（其中大部分为自己新发现的）对以蛋白质为核心形成的pathway和生物网络的影响。研究工作将包括紧密连接的三个阶段： 第一阶段大规模地发现新的非编码RNA及其基因。由于申请者具有国际领先的非编码RNA获取技术，本课题拟以人、恒河猴、鼠及线虫为对象系统地发现新的非编码RNA，其数量应在千数量级； 第二阶段基于大量新发现的非编码RNA，从实验和理论两方面同时确定与各种非编码RNA相互作用的功能生物分子，包括蛋白质、RNA和DNA等。这是本申请能否取得重大成果的关键步骤。鉴于研究全部pathway与生物网络不是一个项目力所能及的，本申请拟选取典型类别的非编码RNA（如：miRNA、piRNA或我们发现的small RNA家族等）、某些重要pathway（如：DNA损伤修复pathway、细胞周期pathway等）以及典型的生物网络（如：蛋白-蛋白相互作用网络，即PPI网络等）作为研究对象。在实验方面将建立与发展多种测定生物大分子相互作用的方法，在理论方面将应用系统生物学、比较基因组学等工具用于确定和非编码RNA相关的各种相互作用； 第三阶段基于上述结果构建有非编码RNA参与的pathway或生物网络，并进一步提取这类网络的数学、物理学特征，最终确定其新的生物学含义，以便可能发现新的规律。 这些研究内容虽然是一步接着一步的，但很多工作在时间上是可以并行的。 二、预期目标 总体目标是：系统地发现非编码RNA及其基因；确定非编码RNA与各种生物大分子（DNA、RNA及蛋白质等）的相互作用；构建由RN