时间尺度细菌组成.docx

 PAGE - 13 - 对虾养殖过程中浮游细菌群落在时间尺度上可预测的演替规律 裘钱玲琳a，熊金波a，朱建林b，赵群芬a， 陈和平a,b，张德民a* a海洋学院，宁波大学，宁波，315211，中国 b建筑工程与环境学院，宁波大学，宁波，315211，中国 摘要：微生物群落的空间分布，即群落相似性随空间距离衰减已被广泛接受，但鲜有微生物群落在时间尺度上演替规律的报道。因此，微生物群落在空间和时间尺度上是否具有相似的变化规律仍不明确。本实验利用高通量测序，研究对虾养殖过程中细菌在时间尺度上的变化规律。研究发现：细菌群落的相似性随时间显著（p=0.002）降低，周转率w=0.004，而多样性并没有显著变化。群落结构随时间不断变化，但连续采样点样品间相似性却较高。不同池塘细菌群落的时间演替有着相似的规律，说明细菌群落的时间尺度上动态演替一定程度上是可以预测的。细菌群落结构的变化与叶绿素a、总氮、磷酸盐、碳氮比紧密相关。本研究建立了细菌群落相似性在时间尺度上变化的模型，表明细菌群落在时间和空间尺度上具有相似的演替规律。 关键词：浮游细菌； 时间动态演替； 周转率； 相似性—时间关系 1 引言 “养殖病害是养殖主体、养殖环境以及周围菌群相互作用的结果”[1]，三者密切相关。对虾养殖过程中微生物群落的动态演替（尤其在健康塘以及病害塘特定微生物群落）已被证实[2-5]。这表明浮游细菌在维持虾体健康方面起着重要作用[6, 7]，特定的细菌可以区分对虾的健康状态。因此细菌群落时间演替的研究能有力地预测对虾疾病的出现。 为了维持高产量，饲料的供应量远远超过对虾的需求量，这使得受纳水体逐渐富营养化 [8, 9]。然而，资源的分区是微生物的组成、功能结构的关键因素[10, 11]，可能会导致微生物群落在对虾养殖过程中的演替。近来研究表明，对虾养殖中微生物群落体现出在时间尺度上的演替[6, 7, 12]。这些研究只停留在利用特定的技术研究[13]特定类群（如弧菌）[7, 14]，并不能全面理解群落在时间尺度上如何加剧富营养化。尽管已经研究出天然水生生态系统中群落在时间尺度上的动态演替模式[2, 5]，目前不清楚动态演替在人???操纵的池塘中（一个不断变化的环境）是否具有可预见性。 在空间尺度上微生物群落相似性随距离衰减[15, 16]（即群落差异性随地理位置增强），然而相似性与时间的关系（STRs）模式鲜有深入的研究[4]。Jones以及他的团队[17]假设水体细菌群落组成在时间尺度以及空间尺度上的变化是同等重要的。然而目前对于时间尺度上的研究一般针对于系统发育与时间的关系，即在时间尺度上的不同生态系统物种累积丰度[19-22]。因此，微生物群落在时间尺度上是否存在类似于空间尺度的时间与相似性之间的关系并不确定。由此，我们用类似空间尺度的数学公式：S = cTw [18]，其中标度指数w反映了微生物群落的周转率。 虾塘在放养虾苗之前经过消毒，是一个相对比较清洁的环境，且各虾塘在养殖全程采用相同的管理，实验在此基础上对微生物群落在时间尺度上的动态演替进行了详细的研究[23]。不同的细菌类群在代谢作用上存在本质的不同，由此推断由于对虾养殖过程中存在资源的分区[17, 18]，则间接表明细菌群落动态演替较活跃（存在高周转率）。实验从时间尺度上采集对虾养殖池塘水样，并且应用高通量测序技术探究浮游细菌群落在时间尺度上的动态演替规律以及找出主要环境因子，并进一步探究在空间尺度的影响下相似性与时间之间是否存在一定关系。 2 材料与方法 2.1 实验设计和水样采集 对虾养殖池塘位于宁波瞻岐（北纬29°32′，东经121°31′）。30个养殖塘大小一致（约2000 m2），放养密度、饲料类型以及养殖进程等都采用相同的管理。2012年3月25日，统一放虾苗。从6个不同的养殖塘采集水样，采样距水表面50cm。水样取自不同时间点（周期42d，从4月29日至6月10日，每次采样时间点间隔6~10d），对应于放虾苗后的第35d、45d、55d、63d、69d、77d，共收集36个水样（6个养殖塘×6个时间点）。样品利用冰袋降温保存，并在4h内送往实验室。 水温和pH利用仪器在距水面50cm处现场测量。总有机碳含量（TOC）、总氮（TN）、总磷（TP）、化学需氧量（COD）、NO3- 和PO43-浓度的监测分析按照标准方法（APHA，1989）[24]。叶绿素a的测定时，水样经25mm的 GF/F的过滤器过滤，用90%的二甲基甲酰胺在48℃恒温下萃取24h，最后使用分光光度计（UV-1601, Shimadzu）测定水体中的叶绿素a浓度。 2.2 DNA提取 采集大约3L水样提取DNA，水样应预先经尼龙筛（滤径100μm）过滤，随后经0.2μm的滤膜（Millipor