抗原肽与MHC分子相互作用的QSAR模型研究.pdfVIP

物理化学学报(WuliHuaxueXuebao) 198 ActaPhys. 鄄Chim.Sin., 2007,23(2)：198-205 February [Article] 抗原肽与 MHC 分子相互作用的 QSAR 模型研究 宋 哲 刘 涛 刘 伟 * 朱鸣华 王晓钢 * (大连理工大学物理系；大连理工大学高科技研究院, 辽宁大连 116023) 摘要: 分别采用氨基酸序列及氨基酸结构描述符方法定量研究了短肽鄄MHC(majorhistocompatibilitycomplex) 分子结合亲合力的定量构效关系(QSAR)模型, 用这两个模型对短肽与 HLA鄄A*0201 分子结合的 805 个预测样本 进行了预测, 预测准确度分别达到 66.8%和 65.5%. 采用了去除“劣点??方法检验模型的鲁棒性, 结果证明两个模 型都具有良好的鲁棒性. 通过改变两个模型的参数, 对氨基酸残基个数为 8 或 10 的 CTL(cytotoxicyTlymphocyte) 表位进行预测. 关键词： CTL 表位; 氨基酸结构描述符; 定量构效关系; 偏最小二乘法 中图分类号： O641, Q811.4 QSARModelStudyofInteractionbetweenPeptidesandMHCMolecules SONGZhe LIUTao LIUWei* ZHUMing鄄Hua WANGXiao鄄Gang* (DepartmentofPhysics,CollegeofAdvancedScienceandTechnology,DalianUniversityofTechnology, Dalian 116023,LiaoningProvince,P.R.China) Abstract: Thebindingaffinitymodelofapeptide鄄majorhistocompatibilitycomplex(MHC)wasstudiedusingthe methodsofpartialleastsquares(PLS)andaminoacidstructuredescriptors.Usingthesemodels,thepredictivesetsof805 peptidesarepredictedforthebindingaffinityoftheHLA鄄A*0201complex,andthepredictiveaccuraciesofthetwo modelsare66.8%and65.5%,respectively.Totesttherobustnessofthemodels,theoutliersareeliminated,anditis provedthattherobustnessofthemodelsisgood.ThisshowsthatthemodelsusingthePLSandaminoacidstructure descriptorsarefeasibleonpredictingofCTL(cytotoxicyTlymphocyte)epitopes. KeyWords: CTLepitopes; Aminoacidstruct