第六章利用蛋白质进行预测的方法.pptVIP

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2017-04-23 发布于四川
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第六章利用蛋白质进行预测的方法.ppt

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第六章利用蛋白质进行预测的方法

第六章利用蛋白质进行预测的方法;第一节概述;1.意义;意义;2. 蛋白质折叠结构;例: 酪氨酸磷酸酶的蛋白质序列 ;例: 酪氨酸磷酸酶的蛋白质序列的二级结构 ;例:酪氨酸磷酸酶的蛋白质序列的三级折叠结构;3. 蛋白质结构预测问题;蛋白质结构预测的核心问题;4. 蛋白质结构预测的两大类方法：;5. 蛋白质功能结构的分析流程;6. 蛋白质预测免费工具;第二节蛋白质辨识;AACompIdent;2. AACompSim;3. PROPSEARCH;PROPSEARCH查询结果;4. PepMAPPER;第三节序列的物理性质;3-磷酸甘油醛脱氢酶(G3P2-HUMAN,p04406),查询其100~200氨基酸残基的分子量和pI值的结果;2. PeptideMass;PeptideMass;3. SAPS;第四节二级结构和折叠类型;二级结构和折叠类型;二级结构和折叠类型;1 . NNPREDICT;NNPREDICT 的输出结果说明;NNPREDICT－FOSB_HUMAN Protein fosB结果;2. PredictProtein;PredictProtein计算过程:;PredictProtein计算结果:;3. SOPMA ---法国Lyon;SOPMA分析的结果;4. 各种方法的比较;第五节特殊结构或特征结构;1. 跨膜区域预测;示例结果;1.DAS;2.TMpred;TMpred 输出结果;2. 信号肽;信号肽的一级结构的特点;SignalP 分析工具;SignalP网页;SignalP输出结果与格式:;3. 卷曲螺旋;选择两种打分序列中的1种:;结果图;Paircoil 工具;第六节三级结构的预测;SWISS－MODEL个分析步骤：;SWISS—Pdb Viewer;Expasy上的其它3D结构预测工具; Omiga综合分析工具;Omiga的功能;限制酶切位点分析软件Primer Premier;