第2章生物分子数据库.pptVIP

第二章 生物分子数据库;第一节 引言; 数据库记录(entry, item)通常包括两部分; ;生物分子数据库分类 一级数据库（有冗余） 数据库中的数据直接来源于实验获得的原始数据，只经过简单的归类整理和注释 二级数据库（专业数据库） 对原始生物分子数据进行整理、分类的结果，是在一级数据库、实验数据和理论分析的基础上针对特定的应用目标而建立的 ;Evaluation only. Created with Aspose.Slides for .NET 3.5 Client Profile . Copyright 2004-2011 Aspose Pty Ltd.;常用的生物分子数据库 三大核酸序列数据库：Genbank、EMBL、DDBJ 特殊类型的核酸序列数据库：非编码RNA数据库（ncRNA）、表达序列标签数据库（dbEST）、miRNA、tRNAdb 蛋白质序列数据库：PIR、 SWIS-PROT、 MIPS 核酸和蛋白质三维结构数据库：核苷酸三维结构数据库（NDB）、普纳大学核酸结构数据库（BNASDB）、蛋白质结构数据库（PDB,MMDB） 基因组相关数据库：人类基因组数据库（HGD）、基因组序列数据库（GSDB）、基因组在线数据库（GOLD） 基因表达数据库: 基因表达库（GEO）、斯坦福微阵列数据库（SMD）、ArrayExpress ;第二节 核酸序列数据库;;GenBank由美国国家医学图书馆的国家生物技术信息中心(NCBI)构建、维护和管理, NCBI位于美国马里兰国家健康研究所（NIH）。GenBank数据库的序列数据来源于序列发现者提交的序列、批量提交的表达序列标签（expressed sequence tag, EST）基因组测序序列（genome survey sequence, GSS）和其他测序中心提供的高通量数据，还包括美国专利商标局提供的已发表专利的序列数据。 ;GenBank（/genbank/）数据库包含30万余种不同物种生物的核酸序列，这些数据主要来源于全世界不同实验室和大规模测序计划项目 大约12％来源于Homo sapiens 排列前6的物种：Homo sapiens、Mus musculus、Rattus norvegicus、Bos taurus、Zea mays、Danio rerio (zebrafish) ;Evaluation only. Created with Aspose.Slides for .NET 3.5 Client Profile . Copyright 2004-2011 Aspose Pty Ltd.;Evaluation only. Created with Aspose.Slides for .NET 3.5 Client Profile . Copyright 2004-2011 Aspose Pty Ltd.;GenBank核酸序列格式;Locus name（位点名,座位名，同Accession）;Evaluation only. Created with Aspose.Slides for .NET 3.5 Client Profile . Copyright 2004-2011 Aspose Pty Ltd.;GenBank核酸序列检索;NCBI检索首页检索窗口的数据库选项下拉菜单 ; Entrez集成检索系统;检索栏（for）输入“IL-2 human” ;Entrez Gene检索结果摘要格式显示页面 ;Entrez Gene全文报告页面 （前部分）;Entrez Gene全文报告页面 （后部分）;GenBank核酸序列提交;Evaluation only. Created with Aspose.Slides for .NET 3.5 Client Profile . Copyright 2004-2011 Aspose Pty Ltd.;Evaluation only. Created with Aspose.Slides for .NET 3.5 Client Profile . Copyright 2004-2011 Aspose Pty Ltd.;Evaluation only. Created with Aspose.Slides for .NET 3.5 Client Profile . Copyright 2004-2011 Aspose Pty Ltd.;;Evaluation only. Created with Aspose.Slides for .NET 3.5 Client Profile . Copyright 2004-2011 Aspose Pty Ltd.;SRS集成检