上机课件多序列比对和分子进化分析.pptVIP

上机三多序列比对与分子进化分析;教学目标;资料准备与实验内容;实验内容;安装程序;查看序列文件;操作一：蛋白质家族数据库Pfam的使用;Question;进行序列搜索;检索结果;Lipocalin家族在Pfam中的编号是PF00061;操作二：使用ClustalX进行多序列比对;操作步骤：;Use your mind!;导入序列文件;序列导入成功;设定一些比对参数;参数设定窗口;执行比对;比对结果保存;比对结果;结果初步分析：保守区域分析;选择保存结果文件的格式;保存比对结果的选择项;使用TreView查看指导树文件;操作三：使用MUSCLE进行多序列比对;DOS命令行操作基本命令;运行命令“muscle”，查看使用说明与参数设置;MUSCLE：使用说明;MUSCLE：使用说明;使用MUSCLE 进行比对过程演示;使用UltraEdit查看比对结果;操作四 构建血红蛋白alpha亚基家族HBA 的系统发育树;MEGA4启动界面;第一步：导入序列进行多序列比对序列HBA.fasta;Create a new alignment ：是在你没有任何比对的时候使用，比如你只有一个fasta 格式的序列就可以选择这个选项。 Open a saved alignment session：使用它可以打开一个我们已经比对好的序列文件； Retieve a sequence from a file ：这种情况同第一种情况相似，只是不用选择是DNA 还是蛋白质序列比对，选择的也是fasta 格式的文件，打开后的界面都是一样的。;选择序列文件HBA.fasta，并打开;HBA序列文件打开后的序列编辑窗口;序列编辑窗口各菜单说明;执行多序列比对;多序列比对参数设置;比对完成，保存结果;点击保存;关闭多序列比对窗口后，导入比对结果;出现比对结果编辑窗口，关闭该窗口;进化分析功能菜单在主窗口出现，对照使用指南了解进化分析主窗口各菜单的基本功能;构建带检验的MP进化树;参数设置窗口;MP一致性树;带遗传标尺的进化树;树枝长度表示遗传距离的进化树;邻接法(N-J)构建进化树;N-J一致树;最小进化法构建进化树;最小进化一致树;算术平均非加权对群法UPGMA;构建UPGMA进化树;UPGMA一致树;练 习;The End