九章节 微生物分类和鉴定.pptVIP

第九章 微生物的分类和鉴定; 地球上的物种估计大约有150万，其中微生物超过10万种，而且其数目还在不断增加。;生物分类的二种基本原则：;章节内容;第一节 通用分类单元;命名(nomenclature)：是根据命名法规，给每一个分类群一个专有的名称；;一、分类单元及其等级;根据Carl Woese的 理论，现在还在界 之上使用域(domain) ;常用的细菌分类学术语：;Bacillus subtilisASI.398;3）型(form或type)：常指亚种以下的细分。当同种或同亚种不同菌株之间的性状差异，不足以分为新的亚种时，可以细分为不同的型。;二、微生物的命名;由于细菌分类单元的划分缺乏一个易于操作的统一标准， 为了减少因采用不同标准界定分类单元所造成的混乱， 细菌系统分类也像其他生物分类一样采用“模式概念”;第二节 微生物在生物界的地位;利用16SrRNA建立分子进化树的美国科学家 Carl Woese ;三、rRNA和系统发育树;2. 特征序列或序列印记（signature sequence）;3. 系统发育树(phylogenetic tree);16 S r RNA系统发育树;1）生命的第三种形式——古生菌;2）建立16 S r RNA系统发育树的意义;b）提出了一种全新的正确衡量生物间系统发育关系的方法；;;不可培养微生物（uncultured microorganisms）;3）三（界)域生物的主要特征; 随着越来越多的微生物的全基因组序列的测定，人们发现生物在进化中存在着非常广泛的水平基因转移现象，很多科学家都认为不能仅靠对16SrRNA的序列比较来确定生物之间的亲缘关系，还必须借助各种信息对这个进化树进行改进。; 一项新的研究指出，在我们体内的每个细胞中有 40 个左右的细菌基因，这个由细菌到人类寄主的所谓的“横向转移(lateral transfer)”给进化生物学带来了极大的问题。 ;第三节 各大类微生物的分类系统纲要;一、 原核微生物分类系统;1923年以来已出至第九版(1994)； 第九版伯杰氏细菌鉴定手册设立35个群，将古细菌部改编为5个群，全书描写了约500个属。 划分为四大类： 第一类 具细胞壁的革兰氏阴性真细菌 第二类 具细胞壁的革兰氏阳性真细菌 第三类 无细胞壁的真细菌 第四类 古细菌 ;（二）伯杰氏系统细菌学手册 (Bergey’s Manual of Systematic Bacteriology);《伯杰氏系统细菌学手册》第二版;界Ⅰ：古细菌(Archaeota) 部1：热变形菌、硫化叶菌、嗜压菌(Thermoprotei、Sulfolobi、Barophiles，21属36种) 部2：产甲烷菌(Methanogens，21属97种) 部3：盐杆菌(Halobacteria，14属50种) 部4：热原体(Thermoplasma，2属4种) 部5：热球菌(Thermococci，5属19种) ;界Ⅱ：真细菌(Bacteria) 部6：产液菌(Aquifex)和相关细菌(3属5种) 部7：栖热袍菌(Thermotoga)和Geotogas，9属22种) 部8：异常球菌(Deinococci，1属8种) 部9：栖热菌和归属不明的属(Thermi，10属21种) 部10：产菌黄(Chrysiongenes,1属2种) 部11：绿屈挠菌和滑柱菌(Chloroflexi和Herpetosiphons，5属11种) ;界Ⅱ：真细菌(Bacteria) 部12：热微菌(Thermomicrobia,1属2种) 部13：蓝细菌(Cyanobacteria，69属73种) 部14：绿菌(Chlorobia，6属17种) 部15：α-变形细菌(α-Proteobacteria，117属392种) 部16：β-变形细菌(β-Proteobacteria，53属204种) ;界Ⅱ：真细菌(Bacteria) 部17：γ-变形细菌(γ-Proteobacteria，150属854种) 部18：δ-变形细菌(δ-Proteobacteria，39属128种) 部19：ε-变形细菌(ε-Proteobacteria，6属56种) 部20：梭菌(Clostridia)和相关细菌(73属403种) 部21：柔膜菌(Mollicutes，10属191种) 部22：芽胞杆菌和乳杆菌(Bacilli和Lactobacilli，5