基于GPU的LCS算法加速机.PDFVIP

基于GPU的LCS算法加速机 制研究与实现 作者：张常志 牟澄 黄小红 马严 报告人：张常志 北京邮电大学 目录 1 背景介绍 2 CUDA简介 3 算法并行化研究和实现 4 实验及结果分析 5 结束语 1.背景介绍 ? 传统的基于端口识别应用层协议的算法 ? 准确率低 ? 基本被淘汰 ? 基于负载的协议识别技术 ? 即DPI(Deep Packet Inspection)技术 ? 被广泛应用 ? LCS(Longest Common Subsequence)算法 ? 即最长公共子序 ? 缺点：时间复杂度高，算法效率低 2. CUDA简介 ? 提出了基于CUDA(Compute Unified Device Architecture)平台的解决方案 ? CPU和GPU数据传送结构图 2. CUDA简介 ? GPU的并行线程组织结构 3.算法并行化研究和实现 ? 矩阵算法 ? S1=“hang0an” S2=“09ngzhan” h a n g 0 a n 0 0 0 0 0 1 0 0 9 0 0 0 0 0 0 0 n 0 0 1 0 0 0 1 g 0 0 0 1 0 0 0 z 0 0 0 0 0 0 0 h 1 0 0 0 0 0 0 a 0 1 0 0 0 1 0 n 0 0 1 0 0 0 1 3.算法并行化研究和实现 ? 经过改进后所得匹配矩阵 h a n g 0 a n h 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 9 0 0 0 0 0 0 0 0 0 n 0 0 0 1 0 0 0 0 0 g 0 0 0 0 2 0 0 0 0 z 0 0 0 0 0 0 0 0 0 h 0 1 0 0 0 0 0 0 0 a 0 0 2 0 0 0 1 0 0 n 0 0 0 3 0 0 0 2 0 3.算法并行化研究和实现 ? 矩阵算法 ? 优点：时间复杂度小 ? 缺点：空间复杂度大，如两个100K的文件需要 消耗10G的内存，不现实 ? 该算法的并行化受文件大小的限制 3.算法并行化研究和实现 ? BF算法 ? BF(Brute Force)算法是普通的模式匹配算法， BF算法的思想就是将目标串S的第一个字符与 模式串T的第一个字符进行匹配，若相等，则继 续比较S的第二个字符和 T的第二个字符；若不 相等，则比较S的第二个字符和P的第一个字符， 依次比较下去，直到得出最后的匹配结果 ? 时间复杂度大，空间复杂度小 ? 适合并行化 3.算法并行化研究和实现 ? 并行化后的BF算法 ? 将其中一个文件进行扩展 ? 一趟比较作为一个thread来执行 3.算法并行化研究和实现 ? CPU与GPU算法流程图 3.算法并行化研究和实现 ? 关键算法（核函数）流程图 4.实验及结果分析 ? 实验环境 ? 系统搭载服务器环境为Ubuntu10.04 ? CUDA各软件版本 3.20 ? GPU型号GeForce 9800 GT ? 实验数据 ? 两