基于k-mer组分信息的系统发生树构建方法.pdfVIP

基于k-mer组分信息的系统发生树构建方法.pdf

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第 ???卷 第 ?期? 生 物 信 息 学? ???.?????.?? ???????年 ?月? ????????????????????????????????? ???.,????? ???:??.????/?.????.????— ????.????.??.??? 基 于 ?????组分 信 息 的 系统 发 生树 构 建 方 法? 刘 红梅?,刘 国庆? ??.乌海市人 民医院呼吸科 ,内蒙古 乌海 ??????;?.内蒙古科技大学数理 与生物?程学院 ,内蒙古 包头 ??????;? ?.内蒙古科技大学生物工程与技术研究所 ,内蒙古 包头 ???????? 摘 要 :随着越来越 多基 因组 的测序 完成 ,基于全基 因组 的非 比对 的系统发 生分析 已成 为研 究热 点。不 同的生物物种或个 体? 基因组之间的核酸组分不完全相 同。遗传语 言 一???序 列的信 息很 大程度 上反 映在其 ?????频数 中。基于 基 因组序 列 ?—? ???频数 的系统发 生树则从 新的角度 为我们提供物种之间的亲缘关 系。本文定义基 于 ??????频数 的信 息参数 ,并用 它表征 基? 因组序列 ,计算不 同基 因组之 间信 息参 数的距离,用邻接 法对 ??个 病毒构建 了系统发 生树 ,发现构建 的系统发 生树很大 程度? 上 与已有 的系统发 生树 相吻合 。? 关键词 :系统发 生树 ;?????频数;距离矩阵? 中图分类号 :???? 文献标识码 :?? 文章编号 :????— ??????????一??— ???— ??? ????????????????????????????????????????????????????????????????? ?????? ????????.????,???????—?????,? ??.????????????????????????.??????’??????????,????????????,?????;?.????????????

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