酵母各种杂交选编.pptVIP

2016-7;相关知识： 1、顺式作用元件：存在于基因旁侧序列中能影响基因表达的序列。包括启动子、增强子、调控序列和可诱导元件等，作用是参与基因表达的调控。 2、反式作用因子（转录因子）：能直接或间接地识别或结合在各类顺式作用元件核心序列上，参与调控靶基因转录效率的蛋白质。 3、报告基因：是一种编码可被检测的蛋白质或酶的基因。;4、cDNA文库：以mRNA为模板，反转录合成双链cDNA ，各cDNA分子分别插入载体形成重组子，再导入宿主细胞克隆扩增。这些在重组体内的cDNA的集合即cDNA文库。 ;基本原理; 两个结构域分开时仍具有功能，但不能激活转录，只有他们以适当 途径在空间上相互靠近时，才能具有转录因子活性，激活报告基因的表达。 酵母双杂交系统利用杂交基因通过激活报告基因的表达，探测蛋白-蛋白的相互作用。 ;DNA结合域（DNA-BD）：N端1-147氨基酸,可识别并结合酵母半乳糖苷酶的上游激活序列(UAS) 。 转录激活域（AD）：C端786-881氨基酸,通过同转录机制的其它成分之间的结合以启动上游激活序列（UAS）下游的基因转录。 ;1、构建质粒（诱饵蛋白不发生自激活） 2、转化酵母细胞（本身不表达GAL4） 3、阳性筛选;1.（1）BD-plasmid 靶基因(蛋白A基因)按正确的读码结构和取向克隆在GAL4的BD之后。 筛选标志：TRP; （1）双载体转化能合成亮氨酸和色氨酸。;;酵母双杂交系统的应用：;应用举例;（2）人胎脑cDNA质粒构建;（3）酵母双杂交筛选人胎脑 cDNA 文库 ①人胎脑 cDNA文库转化诱饵酵母菌及初步筛选: 菌液，分别涂布于培养基（A：Leu-/Trp-、B: Leu-/Trp- /His-），A平板上的克隆进行计数，根据稀释度计算转库效率（转库效率只有达到 1X107-1X108cfu/gDNA以上才能进行文库的筛选，以保证不会丢失阳性克隆 ②半乳糖苷酶克隆转移滤纸实验进一步筛选: 从B: Leu-/Trp- /His-平板上挑取 35 个单克隆进行 β-半乳糖苷酶克隆转移滤纸实验，变蓝色的为阳性克隆。 ;（3）阳性杂交克隆的质粒抽提及一对一验证: 对上述筛选的阳性克隆进行质粒抽提，再次进行抗性筛选和质粒抽提后，一对一与诱饵质粒 p GB-FAM172A共转酵母细胞 Y190 验证。 （4）再次阳性者抽提质粒进行测序及生物信息学分析: 利用 NCBI 对测序所得到的序列进行 BLAST 比对分析。;对 10个阳性克隆相应的质粒进行测序后，通过 BLAST在 GenBank数据库中对应 6个不同的基因，编码6种已知的蛋白质： RTCD1、 MOCS2、A2M、KCNIP1、BTBD2和TOX2，根据GenBank数据库及相关文献获得了它们的功能信息。其中 A2M与糖尿病血管病变密切相关，也进一步提示 FAM172A参与了糖尿病大血管病变的发病。 ;（1）用体内实验来研究蛋白质的相互作用，方法精确，不受外界影响，易于操作; （2）所有操作均在核酸水平进行，无需纯化大量的蛋白质，可以精确测定蛋白质的弱相互作用； （3）运用范围较大：酵母双杂交系统中的诱饵蛋白可以是完整的蛋白质，也可以是蛋白质的一个功能区，可以大到一个完整的肿瘤抑制蛋白，也可以小到一个约22个氨基酸的多肽。 ;局限性;3、阴性干扰：两个蛋白本应发生相互作用，但报告基因不表达或表达程度甚低以至于检测不出来。 蛋白间的相互作用较弱，应选择高敏感的菌株或多拷贝载体。 某些蛋白在酵母中不稳定表达或不能准确定位到胞核内。 4、融合蛋白的表达对细胞有毒性，应选择敏感性较低的菌株或拷贝数低的载体。 ;在酵母双杂交的基础上，又发展出了酵母单杂交、酵母三杂交技术。它们被分别用于核酸和文库蛋白之间的研究、三种不同蛋白之间的互作研究。; 酵母单杂交体系是借鉴酵母双杂交体系的基本原理，通过观察酵母细胞内报告基因的表达状况，研究DNA与蛋白质之间的相互作用。 ;设计含目的基因（诱饵）和下游报告基因的质粒，将其转入酵母细胞中。 将文库蛋白的编码基因片段与GAL4转录激活域融合表达的cDNA文库质粒转化入同一酵母细胞中。 若文库蛋白与目的基因相互作用，可通过报告基因的表达将其筛选。 ;实验过程简单，耗时短：能直接识别并找出与特异顺式作用元件相结合的蛋白质及其编码序列，而不需通过制备纯化蛋白或抗体等繁琐的生化手段来建立这种相互作用关系； 酵母属于真核生物，且蛋白质处于自然构象，避免了体外研究的不足。;与内源性的表达激活因子发生相互作用； 假阳性：插入的靶元件有可能不需要转录激活因子就可以直接激活报道基因的表达； 假阴性：融合蛋白有毒性、不能稳定地表达，错