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合浦珠母贝基因组微卫星富集文库的构建与分析
合浦珠母贝基因组微卫星富集文库的构建与分析
油九菊1, 2, 范嗣刚1, 黄桂菊1, 郝博飞1, 2, 陈飞飞1, 2, 喻达辉1
(1. 农业部南海渔业资源开发与利用重点实验室, 南海生物资源与开发利用协同创新中心, 中国水产科学研
究院 南海水产研究所, 广东 广州 510300; 2. 上海海洋大学 水产与生命学院, 上海 201306)
摘要: 采用生物素标记的(AC)15 探针和磁珠富集法构建合浦珠母贝(Pinctada fucata)基因组 DNA 微卫
星富集文库。随机挑选 2097 个克隆进行筛选, 得到 483 个候选克隆(23.03%), 对其中 135 个阳性克隆
测序分析发现 122 个克隆含有微卫星重复单元(90.37%)。进一步通过序列比对, 最终得到 65 个具有特
异微卫星序列的阳性克隆(53.28%), 其中包含 85 个微卫星 DNA 结构域, 其中完美型(perfect)70 个, 占
82.36%; 非完美型(imperfect)7 个, 占 8.24%; 混合型(compound)8 个, 占 9.41%, 重复次数主要分布在
5~20(95.74%), 平均重复次数为 7.83, (AC/GT)n 重复所占比例最高(75.53%)。基于微卫星两端的侧翼序
列, 利用 Primer Premier 5.0 设计引物, 获得 11 对具有多态性的微卫星引物。本研究为开展合浦珠母贝
分子育种及资源评价分析提供了基础资料。
关键词: 合浦珠母贝(Pinctada fucata); 微卫星; 磁珠富集
中图分类号: S917.4 文献标识码: A 文章编号: 1000-3096(2015)10-0008-07
doi: 10.11759/hykx20120107001
合浦珠母贝(Pinctada fucata), 又名马氏珠母贝 果稳定等优点, 已被广泛用于动植物的种群鉴定、选
(Pinctada martensii Dunker), 隶属于软体动物门 择育种、遗传多样性分析及遗传连锁图谱的构建等
(Mollusca) 、瓣鳃纲(Lamellibranchia) 、珍珠贝目 方面[6-8]。
(Pterioida) 、珍珠贝科(Pteriidae) 、珠母贝属 迄今, 有关合浦珠母贝微卫星序列的报道并
(Pinctada)[1], 主要分布在中国的广东、广西、海南和 不多, 得到的微卫星标记也很有限[9-12]。本研究拟
台湾沿海[2], 是目前我国用于培育海水珍珠的主要 采用磁珠富集法构建合浦珠母贝微卫星文库, 分
贝种之一。合浦珠母贝所产珍珠即为历史上闻名遐 离和筛选合浦珠母贝微卫星标记, 为合浦珠母贝
迩的南珠, 是名贵装饰品, 在国际上久负盛名。同时, 的遗传选育、群体遗传学研究和遗传图谱的构建提
合浦珠母贝肉鲜美可食, 贝壳可加工成珍珠粉, 入 供基础数据。
药治病。因此, 合浦珠母贝具有重要的经济价值。
材料与方法?
中国海水珍珠养殖基地主要集中在广东、广西、 1
海南三省区沿海地带, 并成为其经济发展的支柱性 1.1 样品采集与基因组 DNA 提取
产业之一 为这
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