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tmhmm.slides
穿膜结构预测工具 TMHMM 的
原理和思想
李昱璋
2014/5
申明：本材料仅用于课堂展示及讨论，若干示例和数据都只为讲解思想和方法而特意编造，无任何科学依据；请慎思明辨。
为何要预测穿膜结构？
● 深层次特征
● 不相同的进化压力
● 结构与功能：
预测生物大分子结构是生物学的梦想
结构昂贵、序列价廉、膜蛋白与众不同
怎样预测穿膜结构？
理想的状况是这样的：
sp|P32249|GP183_HUMAN G-protein coupled receptor 183 ...
MDIQMANNFTPPSATPQGNDCDLYAHHSTARIVMPLHYSLVFIIGLVGNLLALVVIVQNR
KKINSTTLYSTNLVISDILFTTALPTRIAYYAMGFDWRIGDALCRITALVFYINTYAGVN
FMTCLSIDRFIAVVHPLRYNKIKRIEHAKGVCIFVWILVFAQTLPLLINPMSKQEAERIT
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K
怎样预测穿膜结构？ #2
现实的状况是这样的：
W1
W9
W17
W26
TMHMM 是怎么做的？
1. 穿膜蛋白拓扑结构规则
2. 马尔科夫链 隐马尔科夫模型 (HMM)
拓扑结构规则
只考虑 α-helix
不考虑 β-barrel
TMHMM 也只预测 α-helix
“ 元件”连接示意图
马尔科夫链
日期 天气 Today\Tommorow
.8 .05 .15
6 月 1 日 .2 .6 .2
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