大肠杆菌mRNA编码区长度、形成二级结构倾向与密码子偏好性的关系.pdfVIP

卷 期 ! 微 生 物 学 报 !（）： ’( ) ’’ 年 月 日 #$$ %# ! !#$ %’()(*(+$ ,-$ ! *+,+-.+/ #$$ !!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!! 大肠杆菌!#$ 编码区长度、形成二级结构倾向与密码子偏好性的关系 ，，， % % # 0 ! % % 王 侃 ，刘次全 ，曹 槐 ，陈雪峰 % # （云南大学现代生物学中心 昆明 ($$’%） （中国科学院动物研究所 昆明 ($##0 ） 0 ! （北京大学理论生物学中心 北京 %$$5%） （大连理工大学高科技研究院 大连 %%$#! ） 摘 要：从F+?G7?H 获得大肠杆菌I4%# JF%(( 株的全基因组序列，计算了与基因密码子偏好性相关的多个参数 （ 、 、 、 ），对其 编码区长度、形成二级结构倾向与密码子偏好性之间的关系进行了统计学分析，发 K, L1M FL FL0C -NK1 现虽然翻译效率（包括翻译速度和翻译精度）是制约大肠杆菌高表达基因的密码子偏好性的主要因素，同时， -NK1 编码区长度及其形成二级结构的倾向也是形成这种偏好性的不可忽略的原因，而且对偏好性有一定程度的削弱。 另外对-NK1 编码区形成二级结构倾向的生物学意义进行了讨论分析。 关键词：大肠杆菌；密码子偏好性； 编码区； 二级结构；翻译效率 -NK1 -NK1 中图分类号： 文献标识码： 文章编号： （ ） O5 1 $$$%4#$’ #$$ $4$’(4$( 大肠杆菌的密码子使用具有简并性（ 性也就越高；而表达水平较低，则偏好性也相应较 ,EAE? A+P+?+/7Q+），即一个氨基酸由两个以上的密码子编 低。因而现在经常把基因的密码子偏好程度作为该 码。但是，大肠杆菌并不是同等地使用每个密码子 基因的表达水平的标志。但是，对翻译效率的选择 来编码氨基酸的，对某一个氨基酸而言，大肠杆菌通 压力，并不是造成密码子偏好性的全部原因，基因的 常倾向于更多地使用它所对应的同义密码子中的一 密码子偏好程度也不是完全和其表达水平有关，已 种或数种，而不是均衡地或随机地使用每一种同义 有工作表明，低偏好性的基因也可以有较高的表达 ［］ 密码子来编码它，即大肠杆菌的密码子使用具有偏 水平! 。本文试图对这个问题作更深一步的探讨。 好性（