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2017-05-05 发布于湖北
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blast简介及其应用的13.12.15.ppt

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blast简介及其应用的13.12.15

* Evaluation only. Created with Aspose.Slides for .NET 3.5 Client Profile . Copyright 2004-2011 Aspose Pty Ltd. 常用的检索数据库 * Pdb Nr GenBank EST STS Htgs GSS Yeast E.coli Mito Alu Swissprot 拥有三维空间结构的原子坐标的氨基酸序列库蛋白数据库 Expressed sequence tags，表达序列标签数据库 sequence tagged sites，序列标签位点数据库 high throughput genomic sequences，高通量基因组序列 genome survey sequences，基因组测定序列酵母基因组中基因编码的全套蛋白质大肠杆菌基因组中基因编码的全套蛋白质脊椎动物线粒体的全基因组序列搜集了灵长类动物的Alu重复序列蛋白质数据库 Evaluation only. Created with Aspose.Slides for .NET 3.5 Client Profile . Copyright 2004-2011 Aspose Pty Ltd. nr数据库是合并了若干个主要的蛋白质或DNA数据库得到的。这些数据库中经常包含有相同的序列，但nr数据库只收录其中的一个序列(即使在nr数据库中出现看上去一样的序列，实际上还是具有一些细节上的区别)。 nr数据库是在要搜索现有的绝大多数序列时典型和常用的数据库。 * Evaluation only. Created with Aspose.Slides for .NET 3.5 Client Profile . Copyright 2004-2011 Aspose Pty Ltd. * 1.序列信息部分填入查询（query）的序列序列范围（默认全部）选择搜索数据库如果接受其他参数默认设置，点击开始搜索 Evaluation only. Created with Aspose.Slides for .NET 3.5 Client Profile . Copyright 2004-2011 Aspose Pty Ltd. 4.提交任务 5.查看和分析结果 * Evaluation only. Created with Aspose.Slides for .NET 3.5 Client Profile . Copyright 2004-2011 Aspose Pty Ltd. * 具体例子以下列蛋白序列为例，进行BLAST搜素： MSDNGPQSNQRSAPRITFGGPTDSTDNNQNGGRNGARPKQRRPQGLPNNTASWFTALTQHGKEELRFPRGQGVPINTNSGPDDQIGYYRRATRRVRGGDGKMKELSPRWYFYYLGTGPEASLPYGANKEGIVWVATEGALNTPKDHIGTRNPNNNAATVLQLPQGTTLPKGFYAEGSRGGSQASSRSSSRSRGNSRNSTPGSSRGNSPARMASGGGETALALLLLDRLNQLESKVSGKGQQQQGQTVTKKSAAEASKKPRQKRTATKQYNVTQAFGRRGPEQTQGNFGDQDLIRQGTDYKHWPQIAQFAPSASAFFGMSRIGMEVTPSGTWLTYHGAIKLDDKDPQFKDNVILLNKHIDAYKTFPPTEPKKDKKKKTDEAQPLPQRQKKQPTVTLLPAADMDDFSRQLQNSMSGASADSTQA Evaluation only. Created with Aspose.Slides for .NET 3.5 Client Profile . Copyright 2004-2011 Aspose Pty Ltd. * 1.登陆NCBI的BLAST主页 /BLAST/ 界面如图所示：分析过程 Evaluation only. Created with Aspose.Slides for .NET 3.5 Client Profile . Copyright 2004-2011 Aspose Pty Ltd. * 登陆BLAST主页 Evaluation only. Created with Aspose.Slides for .NET 3.5 Client Profile . Copyright 2004-2011 Aspose Pty Ltd. * 2.根据序列的类型，选择合适的比对分析界面程序。本例中分析的是蛋白质序列，所以单击选择Basic BLAST→P