中华攀雀线粒体基因组全序列测定与分析.PDFVIP

动 物 学 研 究 2013，Jun. 34(3): 228?237 CN 53-1040/Q ISSN 0254-5853 Zoological Research DOI:10.11813/j.issn.0254-5853.2013.3.0228 中华攀雀线粒体基因组全序列测定与分析 高瑞瑞 1，黄 原 1,*，雷富民 2 1. 陕西师范大学 生命科学学院，西安 710062; 2. 中国科学院动物研究所 动物系统与进化重点实验室，北京 100101 摘要：该研究使用长 PCR 扩增和引物步移法测定了中华攀雀 (Remiz consobrinus) 线粒体基因组全序列，在对序列进行拼接 和注释的基础上，分析了其结构、序列组成及蛋白编码基因密码子使用情况等，并对 22 个 tRNA 和 2 个 rRNA 的二级结构 以及控制区结构进行了预测及系统发育分析，为雀形目鸟类的系统发育研究提供了新信息。中华攀雀线粒体基因组全长 16 737 bp，GenBank 登录号 KC463856，碱基 A、T、C、G 的含量分别为 27.8%、21.5%、35.4%及 15.3%， 37 个基因排列顺 序与已报道的其他鸟类基本一致，包含 13 个蛋白编码基因、22 个 tRNA 基因、2 个 rRNA 基因及 1 个非编码的控制区 (D-loop)， 有 18 对基因间共存在 77 bp 的间隔，7 对基因间共存在 30 bp 的重叠。除 ND3 基因的起始密码子为 ATT 外，其余均为标准 的 ATG，11 个蛋白编码基因的终止密码子为 TAA、TAG、AGA 或 AGG，2 个为不完全终止密码子 T (COⅢ、ND4)。除 tRNASer-AGN DHU 臂缺失外，其余 21 个 tRNA 均可形成典型的三叶草结构，在出现的 27 处碱基错配中有 19 处为常见的 G-U 错配。SrRNA 和 LrRNA 二级结构分别包含 3 个结构域 47 个茎环结构和 6 个结构域 60 个茎环结构，与所发表的其他鸟类 rRNA 二级结构 大体一致。中华攀雀控制区发现了同样存在于其他鸟类控制区的保守框 F-box、D-box、C-box、B-box、Bird similarity-box 和 CSB1-box。该研究支持将攀雀科作为独立的科，同时，支持莺总科与攀雀科的单系性。 关键词：中华攀雀；线粒体全基因组；蛋白编码基因；tRNA 二级结构；rRNA 二级结构；控制区 中图分类号：Q959.7+39; Q52 文献标志码：A 文章编号：0254-5853-(2013)03-0228-10 Sequencing and analysis of the complete mitochondrial genome of Remiz consobrinus Rui-Rui GAO 1, Yuan HUANG 1,*, Fu-Min LEI 2 1. School of Life Sciences, Shaanxi Normal University, Xi’an 710062, China; 2. Key Laboratory of the Zoological Systematic