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ARMS-PCR剖析
ARMS-PCR法
目录
ARMS技术
ARMS法与测序法比较
实时荧光定量PCR原理
ARMS技术
目前,突变扩增阻滞系统(amplification refractory mutation system,ARMS)已成为国际上肿瘤个体化分子检测最重要、最先进的技术之一,其在临床应用中的优势已被业内专家广泛认可。
ARMS技术
等位基因特异性扩增法(Allele-specific amplification,ASA)ASA于1989年建立,是PCR技术应用的发展,也称扩增阻碍突变系统(amplification refractory mutation system, ARMS)、等位基因特性PCR(allele-specific PCR, ASPCR)等,用于对已知突变基因进行检测。
该法通过设计两个5’端引物,一个与正常DNA互补,一个与突变DNA互补,对于纯合性突变,分别加入这两种引物及3’端引物进行两个平行PCR,需有与突变DNA完互补的引物才可延伸并得到PCR扩增产物。如果错配位于引物的3’端则导致PCR不能延伸,则称为ARMS。
ARMS和ASPCR借鉴多重PCR原理,可在同一系统中同时检测两种或多种等位基因突变位点。
ARMS技术优点
ARMS方法检测灵敏度明显高于直接测序法等其他方法(表1),可检测出样品中含量低至0.1~1.0%的突变基因;该方法在设计上可以最大限度地缩短目标产物的长度,可以解决石蜡包埋组织标本提取的DNA大部分片段化而无法得到准确检测结果的难点;该方法结合实时PCR平台实现闭管操作,操作简单,无需产物的后处理,能最大程度地避免扩增产物的污染。
ARMS法与测序法比较
测序法
ARMS法
敏感度
10~20%
1%
FFPE标本成功率
低
高
商用试剂盒
无
有
流程与速度
复杂\慢
简单\快
数据分析要求
高
低
试剂成本
低
略高
仪器成本
高
低
假阳性机会(交叉污染)
多
少
实时荧光定量PCR
ARMS技术利用特异引物对突变靶序列进行高精准PCR扩增放大,与此同时,利用探针对扩增产物进行检测,在实时荧光定量PCR平台上实现对样品DNA中稀有突变的检测,以达到对基因突变检测的高特异性和高灵敏度。
实时荧光定量PCR
该技术的基本原理是利用Taq酶的5’外切酶活性,当引物延伸至被荧光探针结合的模板处,Taq酶即从5’ →3’方向降解并释放荧光探针5’端的核苷酸。
由于探针的两端均有一个荧光分子标记,其中3’端的荧光分子(荧光淬灭基团)能够吸收5’端荧光分子(荧光报告基团)的荧光信号,当探针完整时,报告基团发射的荧光信号正好被淬灭基团接收,因此就检测不到荧光信号;
当Taq酶将探针5’端带有荧光报告基团的核苷酸降解下来时,破坏了两荧光分子间的荧光共振能量转移(FRET),从而发出荧光,每扩增一条DNA链,就有一个荧光分子形成,荧光分子数与PCR数量成比例,从而实现了荧光信号的累积与PCR产物形成完全同步。因此,根据PCR反应液的荧光强度即可计算出初始模板的数量。TaqMan荧光探针常用报告基团有FAM、TET、VIC和HEX,淬灭基团有TAMRA。
——TaqMan技术
ARMS-PCR基本原理
操作流程及数据解读
DNA ARMS-PCR 数据分析
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