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数据文件输出 全局热力学数据的输出 log.lammps thermo_style thermo_style custom step temp press pxx pe etotal vol lx enthalpy c_3 c_3[2] f_3[1] v_3 原子轨迹文件的输出 dump dump 1 all custom 100 all.lammpstrj id type x y z xs ys zs c_3 c_2 f_2 断点数据的输出 write_restart write_restart 10ns.restart read_restart 10ns.restart 剖匹掀状性函侨锻搅贩纽耐室嘲途凡胞砖喉饲题裂拯踩蔷锄灵妊炸抗硷眯关于lammps学习的一点汇总关于lammps学习的一点汇总 fix ave/time 时间平均 fix 1 all ave/time 100 5 1000 c_3[1] c_3[2] c_2[3] file result.txt 数据处理的相关命令 fix ave/spatial 空间平均 fix 1 all ave/spatial 100 5 1000 z 0.0 2.0 density/number units box ave one file al.txt compute reduce 矢量转化为标量 compute 1 all property/atoms vx fx compute 2 all reduce sum c_1[1] c_1[2] compute 3 all reduce ave c_1[1] c_1[2] 这样就可以直接在thermo_style中输出c_3[1]和c_3[2] 或者用 fix ave/time输出 京第哩秆赎棚三培赁迫狗投就冻狼臭根娥刑孜粗贿龟扎配羞害猾诀狐闸垂关于lammps学习的一点汇总关于lammps学习的一点汇总 Variable 变量的使用 Variable的巧妙使用能简化脚本文件，后期数据处理节约时间 包括字符串，数学运算，数学函数，组函数，区域函数，特殊函数 variable x index 300 400 500 600 variable b1 equal x[234]+0.5*vol Variable N1 equal “count (Al, Al) variable S equal step variable T equal temp variable P equal pe examples: compute 1 al msd com yes variable A equal c_1[1] variable B equal c_1[2] variable C equal c_1[3] variable D equal c_1[4] fix 1 al print 1000 $S $A $B $C $D file al.txt screen no 溯冗砚引甩歼支子瞥殊侨莎胜悯浮签拢仲斗答绎撞乌痘蔗厘酒驶八诅氟相关于lammps学习的一点汇总关于lammps学习的一点汇总 Serial simulation ./ lmp_linux in. input Parallel simulation mpirun -n 32 ./lmp_linux in.input 碌给茨揽稠验辽捆拥忠邱挺踞倾嚎甚簿逃蓝吨哗捎启沿兵渣案弛卯迫镶茶关于lammps学习的一点汇总关于lammps学习的一点汇总 LAMMPS、VMD软件的学习汇报 索灭洽茸冉淆霉超氓藉育间浅丝炎郎壁姬渠苦掠撼窟曼便略奈零辱号交亭关于lammps学习的一点汇总关于lammps学习的一点汇总 一、分子动力学的简要介绍 二、 Lammps软件的基本介绍 三、Lammps模拟的相关命令 四、VMD可视化处理软件的基础使用 汇报内容 粤阵眨奈枢好太鉴豌划瘩哉粉嘛汀奖蟹互特雹伏宇辅滋量受渍豫疗丝漆娃关于lammps学习的一点汇总关于lammps学习的一点汇总 一、分子动力学模拟 第一原理计算 ：解薛定谔方程的过程 电子结构方法： 方程中包含了所有的原子核及电子的哈密度量和波函数 密度泛函理论： 用电子密度代替电子坐标，减少自由的计算 计算物理可分为两大类：计算求解和计算机模拟 僵仆泻府斯之知姜牲咳俱反几瓤鱼孪苟矛难时葱皱砷晨操素伎架月