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蛋白质同源建模评价
同源建模模型评估结果 翟耀绪 2010-7-26 modeller同源建模后，使用chimera对模型做了1500步的最速下降法，得到最终模型。 在使用该模型前，需要对所得到的模型进行评估； 最终的同源结构模型需要通过评估来确保其结构的特性符合其生理生化规律。这包括检验Ф—ψ角度的异常性，键长，紧密接触面等。另一种检验蛋白质结构模型质量的方法是固定性考虑这些立体化学特性。这种方法可通过编辑实验得到的蛋白质结构的空间特性和相互作用能的统计谱，来发现模型的错误。通过比对统计参数与构建的模型，可以知道哪些区域折叠正常，哪些是异常的。 常用的评估程序有：Procheck 检测常用生理化学参数；WHAT IF 检验化学正确性；ANOLEA 使用统计算的方法； Verify3D Verify3D 使用统计计算的方法。 注意 ANOLEA 和Verify3D 虽然都使用统计方法，但它们的阈值不同，并且分数高低代表的含义也不同：ANOLEA 分数越低模型越正确，而Verify3D 中分数越高越正确。 在线评估网址： Errat：/ERRATv2/ What-if: http://swift.cmbi.ru.nl/servers/html/index.html 工具比较全的一个网址：/SAVES/ Molprobity ：/index.php 点击进入第二个网址，这个网址含有PROCHECK,WHT_CHECK,ERRAT,VERIFY_3D,PROVE等几个工具； 将同源建模所得的pdb文件进行上传，并运行，即可得到所要的结果： 其中ERRAT，得到的打分值与使用ERRAT自己的网址的分值是相同的。 在这里展示一下单独ERRAT得到的评估结果： Procheck结果： Procheck所得到的Ramachandran图： 其他几个工具结果： Verify3D 图像曲线： 除以上常用方法外，Molprobity 也是一种结构评估方法： Molprobity是个在线模型分析工具，地址为：/index.php?? 几乎所有的蛋白结构在发表之前都会经过这个工具检测，目前成为结构生物学中一个比较全面的蛋白结构检测工具。 步骤一：上传文件 步骤二：加氢原子 步骤三：开始检测模型 步骤四：选择要分析的参数,一般采用默认值 第五步：查看结果,这里有图形分析和具体表格分析。 图形分析讲形象地告诉你那些部位的残基存在问题； 表格分析则给出具体残基的编号。 以得到的同源建模结果为例： 图形分析结果： 表格分析： * * Errat平均打分值为91，同源结果打分值为89.3，略微偏低。 其中红色区域represent the residues in most favoured regions；黄色区域represent the residues in additional allowed regions；浅黄色区域represent the residues in generously allowed regions；白色区域则是disall区域。 说明： 途中红色部分为较为严重的过近接触 atom clashes 绿色的为不合理的二面角 紫色的球为不合理的Cb 橘黄色的残基为不合理的rotamer 说明： 点击表格第一行蓝色的各个项，即可现实详细信息 可以看到不合理的几个残基
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