基于磷脂质类数据的早期卵巢癌特征提取研究.pdfVIP

第23卷 第10期 传 感 技 术 学 报 Vo1．23 No．10 2010年 10月 CHINESE JOURNALOF SENSORSANDACTUATORS 0ct．2010 Lys0ph0sph0lipidDataAnalysisandBiomarkerSelectionfor EarlyOvarianCancerDetection CHENShufei，HANBin，LILihua ，RebeccaSutphen，ZHULei，DAIQi ／1．InstituteforBiomedicalEngineeringandInstrumentation，HangzhouDianziUniversity，Hangzhou310018，ChinaI1 、2．H LeeMoffittCancerCenterResearchInstitute，UniversityofSouthF1orida，TampaFL33612，USA ， Abstract：OvarianCarcinoma(OvCa)isthemostlethaltypeofgynecologicalcancer．Howeveritisshownthat about90％ patientscouldbesavediftheywerediagnosedandtreatedintheearlystage．Inthisstudy，wepropose anew strategyinwhichthebiomarkersareidentifiedintermsoftheirrelevancetotheclinicaloutcomeandstabili— ty．Comparative studyand statisticalanalysisshow thattheproposedmethodoutperformsSVM—RFE andT—test methodsinstability．whicharethetypicalsupervisedclassificationanddifferentialexpressiondetectionbasedfea— tureselectionmethods，andachievessatisfyingclassificationresult(88．9％)aswel1．Thereliabilityoftheidentified biomarkersisalsobiologicallyvalidatedandsupportedbyrelevantbiologicalresearch． Keywords：ovariancancer；stability；singularvaluedecomposition；MonteCarlodecisiontree；featureselection EEACC：7550 doi：10．3969／j．issn．1004—1699．2010．10．001 基于磷脂质类数据的早期卵巢癌特征提取研究冰 陈淑飞 ，韩 斌 ，厉力华 ，RebeccaSutphen，祝 磊 ，代 琦 ／1．杭州 电子科技大学生物医学工程与仪器研究所，杭州 310018；、 ＼2．南佛罗里达大学H．LeeMoffit癌症研究中心，坦帕FL33612 ／ 摘 要 ：卵巢癌是 目前死亡率最高的妇科疾病之一，而如果得到早期诊断和治疗，卵巢癌患者的存活率可达90％。针对卵巢癌 早期诊断问题，基于卵巢癌磷脂质类数据，提出了一种结合缠绕法和过滤法、按照诊断类别相关度挑选特征，然后依据特征标志 物的分类率稳定度高低，提取用于诊断早期卵巢癌的特征子集的策略。该方法克服了分类率监督方法忽略生物相关性、依赖分 类器易产生过拟合的不足，同时保持了较高的分类率。实验表明，该方法挑选的特征标志物包含更多的分类信息 ，其分类正确率 达到88．9％，且比经典的分类率监督方法和差异表达方法在稳定性能上存在优势。此外，提出的新的标幺化方法去掉了批次差 异，获得更好的分类效果 ，且所选的特征标志物得到生物学关联意义上的支持，具有较高的可信度和实用性。 关键词 ：卵巢癌；稳定度；奇异值分解；MonteCarlo决策树；特征提取 中图分类号 ：Q8