医学统计学（杨超）01_简介_02_数据库检索2014-1.pptVIP

用户必须按照IUB（International Union of Biochemistry）/ IUPAC（International Union of Pure and Applied Chemistry）规定的标准氨基酸或核苷酸的代表符号输入序列数据。 序列中不能包含任何数字字符，也不允许出现空行。 可以用小写字母输入序列，但会被转换成相应的大写字母。 单一的连字号“-”或破折号“—”可用来代表一段未测定的序列。 数据库格式文件： 数据库中的每一条目贮存为一纯文本格式文件，文件每行左侧为标识符，使用完整英文单词（GenBank和DDBJ）或二字缩写符号（EMBL-Bank/ENA）表示。 GenBank标识符 ENA标识符 含 义 LOCUS ID 基因座位或基因标识字符串 DEFINITION DE 简单的定义或描述 ACCESSION AC 检索号 VERSION NI 版本号 KEYWORDS KW 关键词 SOURCE OS 来源生物 ORGANISM OC 生物种属 REFERENCE RN 参考文献及编号 AUTHOR RA 参考文献作者 TITLE RT 参考文献标题 JOURNAL RL 参考文献出处 PUBMED RX 参考文献检索号 COMMENT CC 评注或说明 FEATURES FH 特性表表头 FT 特性表 ORIGIN SQ 序列数据 // // 序列结束符 GenBank和EMBL-Bank（ENA）数据库中的标识符及其含义 数据库格式文件的内容可分为三个部份： 第一部份——信息描述部份； 第二部份——序列特性表； 第三部份——序列数据。 GenBank数据库格式文件 （第一部分 信息描述） （第二部分 序列特性表） （第三部分 序列数据） 2.2.2 EMBL-Bank（ENA）序列数据库 EMBL-Bank（ENA）序列数据库中的每一条目同样是一个纯文本文件，文件每一行左侧是由两个大写字母组成的标识符。 其序列数据格式文件的内容也包含信息描述、特性表和序列数据三个部份。 ENA数据库格式文件 多标签显示方式 TEXT显示方式 （第一部分 信息描述） TEXT显示方式 （第二部分 序列特性表） TEXT显示方式 （第三部分 序列数据） 课后练习 通过以下的链接，练习打开NCBI（GenBank）或EMBL-EBI（ENA）核酸数据库的网页。 /genbank/ http://www.ebi.ac.uk/ena/ 在GenBank中，使用“Homo sapiens hemoglobin delta”关键词或注册号“NM_000519.3” 检索核酸序列，点击打开核酸序列的报告。 在ENA中，使用检索号“AY034468”进行检索，点击打开核酸序列的报告。 对检索报告进行理解。 * White clover —— 白三叶 生物信息学分析实践(讲习课)教学学时和内容安排 周次 教学内容 学时 任课 教师 报告 序号 讲授 实践 3 4 第一章 生物信息学简介 第二章 数据库检索 1.5 1.5 1.5 1.5 李 洪 5,6 7 第三章 引物设计及测序结果分析 1.5 1.5 1.5 1.5 严冬梅 1，2 8 9 第四章 核酸序列分析 1.5 1.5 1.5 1.5 严冬梅 3，4 10 11 第七章 RNA分析 1.5 1.5 1.5 1.5 段春燕 5，6 12 13 第五章 蛋白质结构与功能分析 1.5 1.5 1.5 1.5 李 洪 7，8 14 15 第六章 分子进化与系统发育分析 1.5 1.5 1.5 1.5 李 洪 9，10 总学时 36 主要参考教材及仪器： 吴祖建 等主编. 生物信息学分析实践. 北京:科学出版社, 2010.6. 联网计算机（自备）（建议安装翻译软件）。 自备U盘，拷贝教师PPT文件，便于课后复习和找到正确的网页链接。 考核方式及要求： 本课程为考查课程，通过完成并上交分析报告评分。即从第3章至第7章，共5章，每章提交2份分析报告，每次报告计10分，共100分。 要求： 独立完成，7天内上交，过时不候。 不允许提交完全相同的结果或报告，即检索号或分析的序列不能完全相同。 以电子邮件附件文件方式将分析报告上传至主讲教师邮箱，文件格式必须为doc或pdf（打印）。 附件中的文件名必须以“学号-姓名-报告序号”格式来命名。如“201210001137-张三-1”。 Chapter 1 Introduction of Bioinformatics 1.1 生物信息学产生的背景 20世纪90年代，由美国等国家的科学工作者倡导并实施的人类基因组计划（Human Genome Project, HGP）获得了大量的DNA序列资料，由于需要对这些数据