基于外存后缀树的+top-k+局部比对.pdfVIP

第 卷 第 期 计 算 机 学 报 ３９ １０ 　 　　 　　 　　 　　 Ｖｏｌ．３９ Ｎｏ．１０ 年 月 ２０１６ １０ ＣＨＩＮＥＳＥＪＯＵＲＮＡＬ ＯＦ ＣＯＭＰＵＴＥＲＳ Ｏｃｔ．２０１６ 　 基于外存后缀树的to -k 局部比对算法 p 王 斌 朱 睿 杨晓春 王国仁 于 戈 　 　 　 　 （东北大学信息科学与工程学院 沈阳 １１０００４） 　 　 摘 要 局部比对是一种衡量字符串间相似程度的技术，它在生物信息学领域具有十分重要的作用 介于此，许多 ． 　 　 学者已对其进行了深入的研究 然而，随着数据规模的扩大，常规的内存算法已不适用于支持大规模文本数据的局 ． 部比对 为解决上述问题，该文研究了基于外存后缀树的 局部比对算法 它从根本上消除了内存空间对算法 ． ｔｏ -k ． ｐ 的束缚 为了提高算法的性能，该文首先将经典内存算法中的过滤策略引入该文 通过适当的修改，这些策略可以 ． ． 基于外存后缀树有效地降低计算开销 其次，该文提出一种巧妙的算法支持 局部比对查询 该算法通过引入 ． ｔｏ -k ． ｐ 启发式策略有效规避了 算法的固有问题 具体地，它一方面可以提高算法的过滤能力，另一方面可以降低候选 ＴＡ ． 对象的维护代价 再次，该文对外存后缀树和磁盘的工作原理进行了研究 基于此，该文提出一种槽的结构支持查 ． ． 询 该结构既可以实现磁盘的顺序访问，又可以降低磁盘的访问次数 因此，它可以有效提高算法的查询效率 最 ． ． ． 后，大量的实验验证了该文所提出算法的有效性． 关键词 局部比对； ；外存后缀树；叉子区域 ｔｏ -k 　 ｐ 中图法分类号 号 ／ ＴＰ３０１ DOI １０．１１８９７ ＳＰ．Ｊ．１０１６