荧光探针法研究PNA-DNA 双链和dsDNA结构的差异.pdfVIP

第 33卷第 2期 上海师范大学学报 (自然科学版) Vol_33．NO．2 2004年 6月 JournalofShanghaiNormalUniversity(NaturalSciences) Jun．2004 荧光探针法研究PNA-DNA 双链和 dsDNA结构 的差异 周海清 ，沈鹤柏 ，周文骏 ，杨永桃 (1．上海师范大学 生命与环境科学学院，上海 200234；2．上海兽药饲料监测所，上海 201103) 摘 要 ：运用荧光和紫外吸收光谱研究了Ru(bipy)2(dppz)抖和苯胺红T两种荧光试剂与PNA — DNA、dsDNA之间的相互作用．实验结果表明：相同条件下同一荧光试剂与 PNA—DNA、dsD— NA两者之间发生不同的作用，从而说明了PNA—DNA、dsDNA的结构具有一定的差异，并对引 起差异的原 因进行 了初步的探讨． 关键词 ：荧光探针 ；PNA；插入键合作用；PNA—DNA；荧光光谱 ；UV 中图分类号：O644．17 文献标识码 ：A 文章编号：1000—5137(2004)02—0078—05 0 引 言 肽核酸 (PNA)是DNA的类似物，它是将碱基通过氨乙基甘氨酸单位组成的骨架接连一起而形成非手 性，不带电荷的分子[1]．PNA 以watson—Crick碱基配对原则识别互补的DNA靶序列并形成双螺旋结 构 ]．由于分子不带电，在与靶基因结合时避免了由于电荷相互排斥所导致的杂交不稳定性，与ODN相 比PNA以其很高的杂交稳定性、优 良的特异序列识别能力、不被核酸酶和蛋 白质酶水解等明显的优势，在 分子生物学和药物化学领域将会有广泛的应用 ，有望成为定靶于基因的诊断和治疗试剂．为此，PNA— DNA 的结构为人们所重视，与 dsDNA结构相比，两者有很大的相似性[3]，但就两者的差异性还未见报道． 本文通过荧光试剂作探针研究了PNA—DNA、dsDNA结构的差异，并对引起差异的原因进行了初步的探 讨．希望为PNA的进一步应用提供一些有用的信息． 选用Ru(bipy)2(dppz)。(bipy：22一联吡啶，dppz=--,tL啶并[3，2一a：23一c]吩嗪)[4]和苯胺红 T (ST)口叼两种荧光试剂分别作为探针，与PNA—DNA、dsDNA作用．这两种荧光试剂与 dsDNA之间有强烈 的相互作用，且大量的工作已证实它们与 dsDNA之间存在典型的插入键合作用[6 ．荧光光谱 的结果表 明，Ru(bipy)。(dppz)。和 ST与 PNA--DNA双链之间作用比同等条件下与 dsDNA作用要弱的多，并且紫 外光谱显示出它们与PNA—DNA之间没有明显 的插入作用．这说明PNA—DNA双链和双链 DNA虽同 为双螺旋结构，但两者的构象、螺距、沟大小和沟结构都存在了很大的差异性．选用 Ru(bipy)z(dppz)。和 ST为探针研究了PNA—DNA、dsDNA结构上的差异，进一步开拓了Ru(bipy)。(dppz)抖和ST作为荧光探 针的用途． 收稿 日期 ：2003-12-12 基金项 目：上海市 自然科学基金资助项 目(O2ZA14O68)． 作者简介：周海清 (1980一)，女，上海师范大学生环学院研究生．沈鹤柏 (1946一)，男 ，上海师范大学生环学院教授 第 2期 周海清，沈鹤柏，周文骏，等 ：荧光探针法研究PNA-DNA双链和 dsDNA结构的差异 79 1 实验部分 1．1 试剂与仪器 10merODN1(序列为3， CATGTCACTT 5)ODN2(序列为5 GTACAGTGAA3)上海生工生 物技术有限公司合成，PNA(序列为 H—GTACAGTGAA—Lys-NH ，H代表N端一个 自由氨基 ，Lys-NH 与 C端相连，是一个末端酰胺)成都派德生物技术有限公司合成．ST(分析纯 ，上海化学试剂公司)，Ru(bipy) (dppz) 根据文献合成并纯化[4]，其他试剂均为分析纯，实验用水为二次蒸馏水． GaryEclipseFluorescenceSpectrophotometer(VARIAN 公司)，UV8500紫外与可见分析仪 (上海天美 仪器有限公司)，HZQ-C空气浴振荡器 (哈尔