分支系统学软件PHYLIP系统及其使用.pdfVIP

维普资讯 安龋农业大学学报 ，2001，28 (4)：438～444 JournalolAnhuiAgriculturalUniversity 分支系统学软件 PHYLIP系统及其使用 肖中新 ，潘孝铭 (安龋省环境监测中心站 ，合肥 230061) 摘 要：PHYIIP是一个糸统发育推断软件。PHYIIP软件 由30个程序组成．针对不同的数据 ．采用不同 的程序 。本文对PHYIIP软件 的输^与输 出文件 的格式 、输^文件 的选 项、应蕃选项 、建树的置略都作 了详细 论述 。为便于理解 ．文中蛤 出了丰富 的例子阐述PHY[IP软件 中的各种概念和使用方法 关键词：PHYI1P软件 ；分支袅．统学；用法 中田分类号 TP3115 文献标识码：A 文章编号：1000—2197 (2001)04—0438一O7 分支系统学又称系统发育系统学，它研究的是种级分类单元或更高级单元之间的系谱关系格局，并 寻求分类单元之间的共同祖先关系，然后将这种关系以一种大家熟悉的等级系统表达出来。分支系统学 是一个非常活跃的领域，新观点、新方法层出不穷： 传统的手工计算方法显然不适台分类单元和性状 数量都较大的情形，用计算机代替手工进行分类单元和性状的处理就很有必要了。PHYLIP就是这样一 个系统发育推断的自由软件 。 l PHYLIP概述 系统发育推断软件PHYLIP (PhylogenyInferencePackage)提供了30个程序，按照所处理数据对 象的不同可分为五类，即； (1)分子序列数据程序 (Programsofrmolecularsequencedata)； (2)距离矩阵数据程序 (Programsofrdistancematrixdata)； (3)基因频率和连续性状程序 (Programsforgenefrequenciesandcontinuouscharacters)； (4)0～1离散状态数据程序 (Programsfor0～1discretestatedata)； (j)树和一致树绘图程序 (Programs[Orplottingtreesandconsensustrees)。 PHYLIP的大多数程序运行时，从一个名为 “infile”的输入文件读入数据，如果没有该文件，程序 将会询问你输入文件的名称。然后会出现一些应答选项让你选择。最后输出结果到outfile或treefile文件 中。 2 PHYLIP输人文件格式 2．1 输人文件一般格式 除了距离矩阵法外，对于简约法、和谐性分析法及最大似然法 ，最简单的输入文件的格式类似如图 1。 输入文件的第一行包括分类单元数及性状数，两个数之间必须 由空格分隔开。随后是每个性状的信 息，开始是 占10个字符的分类单元名称，紧接着是性状描述。离散性状程序，诸如DNA和蛋白质序列 程序中，性状是单个的字符或数字，有时可用空格分隔开 ，而连续性状程序中，性状是带小数点的实数， 必须用空格分隔开 ，如 ： I，atimerla 2．03 3．457 1OO．2 0．0 — 3．7 收稿 日期 ：2000—1O-10 作者简介：肖中新 (1971一)，男．助理工程师。 维普资讯 28卷 4期 肖中新等 分支系统学软件PHY1．IP系统及其使用 6 l3 Arehaeopt CGATGCTTAC CGC Hesperorni CGTTACTCGT TGT Baluehithe TAATGTTAAT TGT B·virgini TAATGTTCGT TGT