福建籍汉族人系统性红斑狼疮的单核苷酸多态性分析.docVIP

　　福建籍汉族人系统性红斑狼疮的单核苷酸多态性分析 作者：陈凌 赵亮 朱进伟 薛士杰 郑祥雄 唐阳 【摘要】 　　目的 筛选系统性红斑狼疮（SLE）遗传易感基因，发现新的易感SNP位点。方法 采用SNP基因芯片与DNA池相结合（SNP microarrays and DNA pools，SNPMaP），在福建籍汉族人群中对240例SLE患者和210例正常对照DNA池分别进行全基因组扫描，通过正态分布法估计正常对照和SLE患者DNA池SNPMaP等位基因频率，用DNA池测序法验证杂合度，用TaqMan法验证单个样本。结果 筛选出108个新的SLE候选易感基因，验证了其中的6个新的易感SNP位点的杂合度，结果与SNP基因芯片结果基本一致，证实rs4731117为一个新发现的易感位点。结论 SNP基因芯片与DNA池相结合的方法是一个实用性好的高通量的SNP筛选工具。rs4731117位点多态性与福建籍汉族人群SLE发病的易感性有一定关系。 【关键词】 红斑狼疮，系统性； 多态性单核苷酸； 芯片分析技术； 福建； 汉族 　　ABSTRACT: Objective To identify nean Systemic Lupus Erythematosus (SLE). Methods In Fujian Han population, 240 SLE patients and 210 controls ployed in the study. The difference of allelic ratio of SNP in patients and controls ethod (bining DNApooling and microarray, SNPMaP). The heterozygosity ples e PCR (Taqman). Results A total of 108 SNPs ed to be a neethod bining SNP microarray and DNApooling (SNPMaP) has been developed to be a high throughout and effective tool. The polymorphism of rs4731117 may be associated atosus，systemic； single nucleotide polymorphisms； DNA pooling； susceptibility 　　系统性红斑狼疮（systemic lupus erythematous，SLE）是一种累及多系统、多器官的自身免疫性疾病，属于多因素复杂性的疾病，其病因复杂，涉及环境和遗传因素等。根据统计，我国的发病率为70/10万［1］，当前对我国人群中系统性红斑狼疮的遗传易感性的研究尚处于起步阶段。因此，在 中国 人群中确认和寻找易感基因位点和候选基因具有重大的实践意义。近年来，随着基因芯片技术的快速 发展 ，将单核苷酸多态性与基因芯片相结合的高通量技术已经逐步成为研究基因组学新的工具。但是，由于SNP基因芯片价格昂贵且只能使用一次，这对于大多数研究者筛选成千上万的样本来说并不是 经济 的。因此，目前理想的解决办法是将SNP基因芯片高通量筛选的优势与DNA池相结合，分析DNA池的基因型，这种方法被称为SNPMaP（SNP microarrays and DNA pools）。笔者就是应用SNPMaP的方法来筛选SLE遗传易感基因，发现新的SLE易感SNP位点。 　 　1 对象与方法 　　1.1 对象 　　240例系统性红斑狼疮（SLE）患者的外周血样品来自福建医科大学附属协和 医院 和福建省医学 科学 研究所，所有SLE患者均符合1997年美国风湿病学会（ARA）修定的SLE分类标准［2］。240例中，男性15例，年龄（36±14）岁（13～69岁）；女性225例，年龄（35±12）岁（10～69岁）。选取体检中心的健康人210例为对照组，男性16例，年龄（37±10）岁（24～60岁）；女性194例，年龄（39±13）岁（13～73岁）。对照组和SLE病例组均为无血缘关系的福建籍汉族人群，年龄及性别分布无显著性差异。事先均知情同意。 　　1.2 方法 　　1.2.1 患者DNA池和正常对照DNA池的建立 　　分别从2组个体抽取外周静脉血5 mL，应用试剂盒Blood Genome DNA Extraction Kit(TAKARA BIOTECHNOLOGY(DALIAN) CO.,LTD)提取全血基因组DNA，检测其浓度和纯度，DNA样品稀释至40 ng/μL，每个个体各取DNA样品200 ng，分别构成